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文章数：2篇

宏基因组学

Metalign: 一款快速、准确的宏基因组定量软件

宏基因组分析，预测样品中微生物的存在和相对丰度，是微生物组分析中至关重要的第一步。传统的比对工具如bowtie、bwa等速度太慢，而只基于k-mer的salmon、kraken等速度快但又不够准确。本文提出了一种新颖的方法Metalign，结合了k-mer和比对两种方法，该方法可以执行高效且准确的基于比对的宏基因组分析。作者使用一种新颖的控件最小哈希(containment min hash)算法在比对之前对参考数据库进行预过滤，然后处理唯一对齐和多对齐的读长，以产生准确的丰度估计。在真实数据集和模拟数据集的性能评估中，Metalign是目前综合优势最好的比对定量工具。

宏基因组学丰度估计比对分析定量

VSEARCH：价值万元的64位USEARCH免费用

USEARCH是轻量、高效的扩增子分析流程，但非开源且64位版价值1485美元，限制了同行对分析细节的把握和经费不足者的使用。VSEARCH于2016年末横空出世，实现了绝大多数USEARCH的功能，让同行享受开源、免费、易安装、跨平台的轻量级扩增子分析，节约同行科研经费支出和学习时间成本。此软件更新较快，甚至开发了一些USEARCH没有的新功能，推荐扩增子分析入门用户选择。VSEARCH分析流程简明中文教程见 http://mp.weixin.qq.com/s/49F6b363pZLJq3HuxbqTRw ，中文帮助文档详见 https://mp.weixin.qq.com/s/OpKbSBH_u_iq1eq0mXLbJg 。此软件也可以在QIIME 2中作为插件使用。

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