Martial Marbouty

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Martial Marbouty

文章数：4篇

染色体折叠和前噬菌体激活揭示肠道细菌的特定基因组结构

细菌及其病毒、噬菌体是肠道菌群中最丰富的群落，但目前这两者间的相互作用尚不清楚，尤其是肠道环境对细菌及其相关噬菌体的影响。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，利用基于邻近连接的测序（Hi-C）研究细菌中功能性和活性噬菌体的精确识别，为研究不同条件（健康与疾病）下噬菌体与细菌间的相互作用提供了策略。

噬菌体

MetaHiC噬菌体-细菌互作分析，揭示人肠道中活跃的循环噬菌体

eLife发表的文章，开发并应用一种改进的meta3C方法（metaHiC）来研究10个健康人体肠道微生物群中的噬菌体及其相互作用，总共确定了6763个独特的宿主-噬菌体对，这或许代表了迄今为止人类肠道微生物群最大的感染网络。研究发现，有3/4的噬菌体是休眠的溶原性噬菌体，有5%的噬菌体的测序覆盖率高于宿主的测序覆盖率，表明这些噬菌体正在积极分裂。对17个crAss 样噬菌体家族成员序列分析发现，每种噬菌体都有一个独特的宿主，但都属于拟杆菌属。通过这种方法可以确定样本中的噬菌体宿主靶点，并或可用于粪菌移植和噬菌体疗法。

噬菌体 MetaHiC

Science子刊：新方法，一次组装几十个细菌和病毒基因组

方法学突破，值得一看。

基因组组装

用染色质构象捕获分析宏基因组数据

宏基因组数据的拼接是痛点。通过计量DNA分子之间的碰撞，meta3C能够识别出与特定细胞结构接触的DNA，来描述构成复杂的微生物组。这种方法有望从宏基因组数据中挑出来自特定物种的DNA，也可区分序列是否来自于染色体以外的DNA（如质粒、移动元件或噬菌体等）。

基因组组装基因组3D信号生成宏基因组分析宏基因组染色体构像捕获