Christian Rinke

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Christian Rinke

文章数：5篇

微流控平台

Nature：对“食物”的趋化作用塑造了海洋菌群的微观组织

浮游海洋微生物积极寻找和利用微尺度化学热点的能力已被广泛理论化，以影响海洋-盆地尺度的生物地球化学, 但从未在天然菌群中进行过全面的原位检查。本研究，作者使用一个基于现场的微流控平台来量化海洋细菌和古生菌的行为反应，经过几个月，在多个部署的沿海现场站点，作者观察到对浮游植物衍生的溶解有机物 (DOM) 微尺度热点的显著趋化性。研究结果表明，天然原核微生物组合的游动行为受特定化学引诱剂的控制，这决定了重要的生物地球化学转化过程和构成海洋食物网基础的生态相互作用的建立。

微流控平台海洋原核生物溶解有机物生物地球化学转化海洋食物网

古菌基因组

Nature子刊：古菌基因组的标准化物种分类方法

本研究提出了古细菌域(发布 R04-RS89)的基因组分类数据库 GTDB(GTDB; gtdb.ecogenomic.org)分类法，包括来自培养和未培养生物的 2,392 个基因组。该分类学版本限定了 16 个门，包括来自 Euryarchaeota 主要单系单元的 3 个门和由 Thaumarchaeota–Aigarchaeota–Crenarchaeota–Korarchaeota(TACK)超门合并产生的一个门。古菌分类法可在 GTDB 网站 (https://gtdb.ecogenomic.org/) 上公开获得，作者通过在线论坛 (https://forum.gtdb.ecogenomic.org) 邀请社区参与和对分类法问题的反馈。

古菌基因组物种分类数据库蛋白质系统发育相对进化差异标准化

Nature子刊：鉴定细菌-噬菌体配对的新方法

Nature Microbiology近期发表研究，报道了一种基于单细胞病毒标记的方法，结合荧光标记、流式细胞技术、基因组扩增和高通量测序，可鉴定细菌-噬菌体配对，值得专业人士参考。

噬菌体微生物组单细胞病毒标记方法学 Kathryn G Dewey

以海神之名：确立全球含量最丰富的 II 类古菌的分类地位

II 类海洋(Marine Group II，MGII)古菌是海洋表面含量最丰富的浮游古菌。本文基于宏基因组进化分析等方法，为此类古菌定名、拟定族谱等，为将来的相关研究打下良好基础。

海洋菌群古菌群海洋宏基因组水平基因转移

系统发生学

Nature子刊：依据细菌共有单拷贝蛋白构建新的生命之树

16S rRNA基因是现有细菌分类系统的基石。这个仅以单基因核酸差异构建的细菌生命之树并非尽善尽美。Nature Biotechnology上面的一篇报道，将单基因分类系统扩展到120个细菌共有单拷贝蛋白质，在大量氨基酸水平差异的基础上构建新的分类系统（命名为GTDB），大幅修正了现有的细菌生命之树。

系统发生学 16S rRNA 基因分类多序列比对