Katja Dierking

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Katja Dierking

文章数：3篇

扩增子测序

“扩增子”VS“宏基因组”——到底谁可以描绘宿主和微生物共生体进化蓝图

高通量测序使微生物组的研究走上了快车道，与宿主相关的微生物往往更受研究者青睐。不仅仅作为人类的第二基因组，微生物其实与大量的动植物都有互作关系。这一宿主微生物共生体对于生态系统的稳定、发展和进化尤其重要。在微生物协同宿主进化研究中，基于扩增子和宏基因组都可以对微生物群落结构进行表征。为了比较它们表征微生物群落和功能的异同，同时为广大研究者提供方法上的优化和参考，基于两种不同方法，作者使用不同环境的宿主相关微生物进行了深入的讨论。并且在宿主和微生物互作方面提出了自己独特的见解。相信在今后可以为我们研究宿主微生物进化之路提供有力的技术参考和重要的认识。

扩增子测序宏基因组分析方法系统综述 Animal microbiome

秀丽隐杆线虫

秀丽隐杆线虫共生细菌的功能研究

大多数菌群研究侧重于使用16S rRNA扩增子测序描述细菌分类组成。这些研究表明，特定的分类群与宿主间存在广泛的相互作用，然而基于16S rRNA的细菌图谱不足以识别与相互作用相关的细菌功能。秀丽隐杆线虫是生物医学研究中的重要模式生物，但关于线虫共生菌群的研究较少，尤其是自然生长状态下的线虫菌群。发表在The ISME Journal上的一项研究从基因组水平重建了线虫共生细菌的代谢网络以探索细菌的代谢能力和微生物间的相互作用，同时对细菌生理特性进行了表征，并评估了哪些细菌特性影响线虫的定植能力和宿主适应性。该研究有助于进一步建立秀丽隐杆线虫作为研究宿主-微生物相互作用的模型。

秀丽隐杆线虫菌群-宿主互作代谢模型 Li Li Wei Zhao

线虫菌群通过不同机制抑制致病菌感染宿主

《Current Biology》上发表的一项最新研究，发现秀丽隐杆线虫体内分离出的不同荧光假单胞菌菌株，可通过不同机制抑制致病菌——苏云金芽孢杆菌的感染。

动物菌群秀丽隐杆线虫荧光假单胞菌 Qianfu Gao Shanchao Wang