Robert C Edgar

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文章数：3篇

UPARSE：OTU代表序列挑选最高引的算法

UPARSE算法由独立研究员Robert C. Edgar于2013年单枪匹马发表于Nature Methods，在扩增子分析中OTUs聚类和挑选代表性序列环节独领风骚数年，被众多分析流程整合为默认方法，截止2018年5月引用近4千次。直到DADA2于2016年也发表于Nature Methods才对此方法发起了挑战，背后的故事，详见宏基因组公众号相关文章 - 扩增子分析还聚OTU就真OUT了 http://mp.weixin.qq.com/s/D3qKT7mYEg52nCfQWF75wg ；主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较 http://mp.weixin.qq.com/s/hU4AavhMQcebNhBtMUg1tw

James D Lewis Hans Herfarth

UCHIME：快而准的嵌合体检测方法

Robert C. Edgar一作兼通讯的文章，也有行业第一高引大佬Rob Knight参与。2011提出了扩增子分析中嵌合体检测的新方法，一直延用至今，经久不衰。截止2019年7月Google学术统计引用高达6500多次。此步骤是扩增子分析中的必备环节，是众多扩增子分析流程调用的默认方法。关于嵌合体的介绍，参阅：http://www.drive5.com/usearch/manual/chimeras.html

Louise E Olofsson Christina N Heiss

USEARCH: 引用近万最易上手的扩增子分析流程

USEARCH由大神Robert C. Edgar单枪匹马开发的一款软件，整合了序列比对USEARCH、聚类UCLUST、嵌合体检测UCHIME、挑选代表性序列UPARSE、序列去噪UNOISE等众多流行算法，开发了200多种功能，可跨平台且体积小巧，可以完整实现扩增子分析全套流程，甚至包括机器学习、核心OTU鉴定等高级分析功能。截止2018年7月Google统计引用近万次，最新版11.0。虽然商业版价格不菲，但对于同行实验室经费允许还是推荐购买，节约学习时间成本，促进商业软件健康发展。中文系列教程详见：https://github.com/YongxinLiu/UsearchChineseManual

Katherine R Amato Elizabeth K Mallott