Donovan H Parks

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Donovan H Parks

文章数：4篇

微流控平台

Nature：对“食物”的趋化作用塑造了海洋菌群的微观组织

浮游海洋微生物积极寻找和利用微尺度化学热点的能力已被广泛理论化，以影响海洋-盆地尺度的生物地球化学, 但从未在天然菌群中进行过全面的原位检查。本研究，作者使用一个基于现场的微流控平台来量化海洋细菌和古生菌的行为反应，经过几个月，在多个部署的沿海现场站点，作者观察到对浮游植物衍生的溶解有机物 (DOM) 微尺度热点的显著趋化性。研究结果表明，天然原核微生物组合的游动行为受特定化学引诱剂的控制，这决定了重要的生物地球化学转化过程和构成海洋食物网基础的生态相互作用的建立。

微流控平台海洋原核生物溶解有机物生物地球化学转化海洋食物网

微生物命名

Nature子刊：命名不可培养的古菌和细菌的两条路径（共识）

随着DNA测序技术的广泛应用，人们发现了大量不可培养的古菌和细菌，对于这些原核生物的命名目前仍缺少清晰、稳定的规则。为解决这一问题，在Nature Microbiology上发表的一篇共识声明文章提出了包含两条路径的路线图，并呼吁学界共同努力来完善和推进相关工作，推荐专业人士参考。

微生物命名细菌古菌共识声明

以海神之名：确立全球含量最丰富的 II 类古菌的分类地位

II 类海洋(Marine Group II，MGII)古菌是海洋表面含量最丰富的浮游古菌。本文基于宏基因组进化分析等方法，为此类古菌定名、拟定族谱等，为将来的相关研究打下良好基础。

海洋菌群古菌群海洋宏基因组水平基因转移

系统发生学

Nature子刊：依据细菌共有单拷贝蛋白构建新的生命之树

16S rRNA基因是现有细菌分类系统的基石。这个仅以单基因核酸差异构建的细菌生命之树并非尽善尽美。Nature Biotechnology上面的一篇报道，将单基因分类系统扩展到120个细菌共有单拷贝蛋白质，在大量氨基酸水平差异的基础上构建新的分类系统（命名为GTDB），大幅修正了现有的细菌生命之树。

系统发生学 16S rRNA 基因分类多序列比对