Yandong Xiao

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文章数：3篇

刘洋彧等Cell子刊：一种解析肠道菌群对病原体定植抗性的算法

这是发表在Cell Reports Methods上的一份工作，由智库专家哈佛大学刘洋彧团队完成。基于先前Nature报道的MPT算法，即在不同模型中都观察到与疾病相关的微生物变化可能与该疾病的发生有因果关系，他们团队对其进行了群落生态学的优化，提出了一种广义微生物表型三角测量（GMPT）方法，即在两两配对的疾病表型中与疾病的病原体微生物丰度有强烈相关性或强烈预防/保护性的微生物，可能是介导菌群对该病原菌定植抗性的关键菌。他们通过比较GMPT和MPT在群落生态学中的经典种群动力学模型上的表现，验证了算法的改善，同时在模拟的人共生菌混合物数据和艰难梭菌感染的小鼠微生物组数据中进行了验证。

刘洋彧等：理解粪菌移植的生态学原理，辅助个体化益生菌设计

人肠道菌群是一个非常复杂的生态系统，但是我们对于其中的生态学原理还所知有限，这是研究菌群干预方法道路上的一大障碍。《Nature Communications》最新了发表来自哈佛大学医学院刘洋彧团队的研究，他们提出了一个可用于理解粪菌移植（FMT）治疗艰难梭菌感染的生态学原理的理论框架，并在此基础上开发了一种算法，能用于设计清除致病菌定植的个体化混合益生菌配方。这项研究对于加深人们对FMT生态学原理的认知，以及未来设计开发基于菌群的干预疗法，具有指导意义。

粪菌移植微生物生态学 Clinical microbiology Ecological modelling Ecological networks

张发明+刘洋彧：克罗恩病患者何时应接受第二次粪菌移植？

粪菌移植（FMT）是治疗克罗恩病的潜在有效手段。这项由南京医科大学张发明团队和哈佛医学院刘洋彧团队合作的研究，首次报道了用FMT治疗克罗恩病时第二次FMT的时机选择，对临床决策有重要意义。

粪菌移植 Fecal microbiota transplantation Crohn’s disease Gut microbiota Urine metabolomics