微生物群落代谢模型

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微生物群落代谢模型

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Cell子刊：人体肠道菌群的代谢模型（观点）

人体肠道是一个复杂的生态系统，上百种微生物物种构成肠道菌群，并与人类宿主相互作用。肠道微生物组的数学模型整合了人们对肠道生态系统的认识，并有助于建立假说来解释对肠道的观察结果。广义的Lotka-Volterra模型已被广泛应用，但该模型没有考虑菌群间动态的生态相互作用，无法解释肠菌的代谢灵活性。最近，明确描述肠菌代谢物产生和消耗的模型逐渐流行。Cell Systems近日发表观点文章，对目前的肠道菌群代谢模型进行总结，梳理了这些模型在人类肠道微生物组研究中的应用，探讨了它们目前面临的挑战和未来的发展方向。

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微生物群落代谢模型

南京农大：菌群协同强化土壤除草剂残留的降解

土壤中的残存除草剂有时会对后茬作物产生严重毒害，强化微生物降解是降低药物残留毒性的重要方法之一。南京农大蒋建东团队与以色列国际研究中心合作，阐述了土壤微生物中降解菌（直接分解药物）和非降解菌（间接促进降解）之间通过代谢耦联协同、高效降解阿特拉津的机制。

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代谢相互作用

FG：菌群代谢建模，正火热发展！

① 测序技术发展特别是宏基因组学的出现，推动了微生物群落的研究；② 但利用宏基因组方法无法在分子水平上对群落成员之间代谢相互作用进行建模，也无法分析代谢互作对整个生态系统的影响；③ 可使用基于约束的建模方法（例如代谢流平衡分析），建立基因组规模的微生物代谢网络模型；④ 这些方法已被应用于单个模式生物，近年来开始被逐渐应用于多生物分析中；⑤ 重点介绍代谢相互作用建模相关的可能性和挑战，讨论该模型的可行性和前景。

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