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计算平台和环境
文章数:1篇
计算平台和环境
Nature:Robert C Edgar等开发Serratus可处理PB级序列并建立全球最大病毒组数据库
我们需要对病毒多样性进行全球监测,以改进对未来流行病的预测和预防,受高通量测序可用性增加的推动,序列分析的计算成本仍然很高,尤其是将短读长组装成重叠群,这限制了分析样本的广度。为了促进全球病毒发现,作者提出了一种替代的基于比对的策略,它比组装便宜得多,并且能够处理大量数据集,作者开发了用于超高通量序列比对的 Serratus 云计算基础设施,筛选了 570 万个生态多样化的测序文库或 10.2PB 的数据,识别地球的病毒组是为下一次大流行做准备的基本步骤。 (v0.3.0) 可在 https://github.com/ababaian/serratus上 获取。
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