Jinfang Zheng

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Jinfang Zheng

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自动碳水化合物活性酶和底物注释数据库dbCAN2更新

这是发表在Nucleic Acids Research上的一份工作，美国内布拉斯加大学团队发表最新研究更新了dbCAN2数据库 ( https://bcb.unl.edu/dbCAN2/），主要更新内容集中于多糖底物预测功能：1) 基于dbCAN-sub的CAZyme底物预测；2）基于dbCAN-PUL搜索和dbCAN-sub多数投票的CGC底物预测。dbCAN数据库于2012年建立，于2022年更新为dbCAN2。

dbCAN-seq更新

用于评估菌群CAZyme基因簇和底物的dbCAN-seq数据库更新

碳水化合物活性酶（CAZymes）对人类健康、营养、肠道微生物组、生物能源、植物疾病和全球碳循环的研究极为重要。随着组装技术的更新，来自各种生态环境的数十万个宏基因组组装基因组 (MAGs) 现在可以在公共数据库中获得。近日，美国内布拉斯加大学团队在Nucleic Acids Research发表最新研究更新了dbCAN-seq数据库 ( https://bcb.unl.edu/dbCAN_seq），这次更新主要体现在两个方面：首先，dbCAN-seq提供了来自四个生态环境（人类肠道、口腔、牛瘤胃和海洋）9421个MAGs的498000个CAZyme和169000个CAZyme基因簇（CGCs）；另外，使用了两种新方法来预测微生物组CGCs的底物，并提供了底物查阅功能，允许搜索针对不同微生物组中预测特定底物的CGCs，值得关注和使用。

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