Hongyu Zhao

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Hongyu Zhao

文章数：2篇

差异丰度分析

国内团队：用于菌群关联分析的R包-MZINBVA

上海交通大学王涛团队近期在Briefings in Bioinformatics发表文章，提出了用于菌群研究中关联分析的多级零膨胀负二项式模型，开发了一种用于最大似然估计和推理的变分逼近方法，其使用优化而不是抽样来近似对数似然和计算参数估计，提供参数估计协方差的稳健估计，并构建用于关联测试的 Wald 型检验统计量。作者开发了一个 R 包 MZINBVA 来实现所提出的方法，可从 GitHub 资源库 https://github.com/liudoubletian/MZINBVA 上获得。

差异丰度分析广义线性混合模型GLMMs 纵向和多级数据变分推理

上海交大：结合系统发育学的菌群数据的转化和差异丰度分析

上海交通大学王涛、耶鲁大学赵宏宇与团队，近期在Bioinformatics发表研究，提出了一种基于模型的菌群数据转换方法，以及一种基于转换数据的差异丰度 (DA) 检验的系统发育信息程序。与菌群组成分析 (ANCOM) 和其他DA检验程序的比较表明，菌群组成的适应性分析（adaANCOM）可以很好地控制错误发现率，更容易地解释结果，并且对于高维问题具有计算效率。开发的R包可以在https://github.com/ZRChao/adaANCOM上找到，模拟和数据分析脚本可以在https://github.com/ZRChao/Papers_supplementary上获得。

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