Teemu Niiranen

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Teemu Niiranen

文章数：4篇

肠道菌群与房颤的关联

EBioMedicine上发表的一项最新研究结果，在6763名参与者组成的队列研究及138名参与者组成的病例-对照研究中，鉴定出了与房颤（包括正发房颤及偶发性房颤）相关肠道菌群的菌属水平变化。

房颤研究论文病例-对照研究队列研究

遗传-菌群互作

Nature子刊：6000人数据揭示宿主遗传和饮食对肠道菌群的影响

近期，Nature Genetics背靠背发表了2篇大型单一人群队列中的肠道微生物组GWAS研究。这项基于近6000芬兰人的研究，鉴定出宿主SNP与肠道微生物分类单元之间的567个独立关联，特别鉴定出3个遗传位点——LCT（乳糖酶）、ABO（血型）和MED13L（与大肠癌有关）与特定肠道微生物丰度间的强关联性，并关注了饮食对这些关联带来的影响，最后通过孟德尔随机化和对长期健康记录的分析，探索了肠道微生物与疾病间的潜在因果关系。

遗传-菌群互作全基因组关联分析（GWAS）肠道菌群

Faith系统发育多样性

Rob Knight团队：Faith系统发育多样性的高效计算及其在菌群特征分析中的应用

基于系统发育、系统基因组树和稀疏数据分析的算法和资源进步的推动，作者开发了一种新的算法——即 Stacked Faith 的系统发育多样性 (SFPhD)，用于快速计算 Faith's PD。此外，作者旨在证明基于系统发育分析的在宏基因组研究中是值得关注的角度，之前在这些研究中该指标不常使用。基准测试的代码可在 GitHub (https://github.com/biocore/faiths-pd-benchmarking) 上找到。对 FINRISK 宏基因组数据进行基准测试所需的数据和代码也可在 GitHub 上获得。SFPhD 代码可在 unifrac Python 包 (https://github.com/biocore/unifrac) 中找到。

Faith系统发育多样性 SFPhD 计算资源多样性差异算法

Nature子刊：肠杆菌科富集＝更高的死亡风险？

Nature Communications上发表的一项前瞻性队列研究结果，对超过7000名芬兰人进行15年随访，发现肠道菌群的组成及功能与死亡率相关，尤其是肠杆菌科的富集与更高的全因死亡率、胃肠道疾病死亡率及呼吸道疾病死亡率相关。

死亡率研究论文前瞻性队列研究