Kristopher Kieft

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Kristopher Kieft

文章数：3篇

病毒基因组

一种快速和精确的构建病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）工具vRhyme

通过分箱技术从宏基因组数据中恢复细菌、古菌甚至真核生物至关重要，但针对病毒基因组的组装恢复工具相对较少。近日，研究者在Nucleic Acids Research发表最新研究，他们开发一个快速和精确的构建病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）工具—vRhyme（https://github.com/AnantharamanLab/vRhyme）。vRhyme它是一种多功能工具，利用覆盖度方差比较和序列特征的监督机器学习分类来构建vMAGs，值得相关生信人员进一步尝试和比较。

病毒基因组 vRhyme 研究论文基础研究机器学习

类风湿性关节炎

Cell子刊：肠道噬菌体组或可预测类风湿性关节炎高危人群

类风湿性关节炎（RA）是一种自身免疫性疾病，其特征是血清阳性个体存在抗环瓜氨酸蛋白（CCP）抗体，遗传率约为40-60%，确诊RA病人的一级亲属（FDR）中患病风险明显增加。Cell Host and Microbe近期发表的文章，鉴定出RA易感状态相关的独特的肠道噬菌体群，这种肠道噬菌体群或可作为RA出现临床症状前的生物标志物，同时表明研究RA的发病和进展过程中考虑群体水平的细菌-噬菌体互作非常必要。

类风湿性关节炎肠道噬菌体组 CCP

VIBRANT：宏基因组中自动恢复、注释、管理和评估病毒组群落功能的新方法

本文介绍了VIBRANT，这是第一种利用混合机器学习和蛋白质相似性的方法，该方法不依赖于序列特征来自动恢复和注释病毒，确定基因组质量和完整性以及从宏基因组学装配中表征病毒群落功能。VIBRANT使用蛋白质特征的神经网络和最新开发的v得分指标，该指标可以规避传统界限，以最大限度地识别裂解性病毒基因组和整合前病毒，包括高度多样化的病毒。VIBRANT突出显示了病毒辅助代谢基因和代谢途径，从而成为评估病毒群落功能的用户友好平台。

VIBRANT 基因组序列神经网络 v-score 微生物群落代谢