肠道噬菌体组

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肠道噬菌体组

文章数：7篇

肠道噬菌体组

李俊桦+肖敏凤Cell子刊：一文读懂人类肠道病毒组编目的进展和挑战（综述）

人类肠道病毒群，通常被称为肠道微生物群的“暗物质”，至今仍然没有得到充分研究。近年来，随着测序技术和生物信息学的发展，大规模的人类肠道病毒组研究极大地提高了人们对肠道病毒组组成和变异的理解。随着相关人类肠道病毒组数据库的建立，不仅丰富了肠道病毒基因组的多样性和功能潜力，也为相关肠道病毒组研究提供了参考数据库。但是，不同数据库之间采用的方法和参数仍存在较大差异。近日，深圳华大生命科学研究院李俊桦、肖敏凤及团队在Cell Host and Microbe发表最新综述，纳入最近发表的4个肠道病毒组数据库（GVD、CHVD、MGV和GPD），发现鉴定出的噬菌体数量随着样本量增加而增加，表明目前数据库中肠道病毒多样性还未达到饱和。此外，作者还归纳了编目人类肠道病毒组数据库的五大步骤，以及在噬菌体分类注释和宿主分配方面的挑战，并建议未来需要纳入更广泛和更多样化的样本，应该大力开发用于病毒组分析、噬菌体-宿主动态互作的专用工具包，值得相关人员精读和细品。

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香港城市大学：PhaMer可从宏基因组数据中准确识别噬菌体

近年来，宏基因组测序技术已经成为一种新的噬菌体识别手段，它可以对来自各种微生物群的所有遗传物质进行测序，基于序列比对或机器学习的噬菌体识别工具也被相继开发。近日，香港城市大学孙燕妮及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新研究，基于语言模型Transformer开发了PhaMer（https://github.com/KennthShang/PhaMer）工具，通过模拟和真实数据评测，发现PhaMer的准确度优于目前的主流噬菌体鉴定工具，值得相关人员关注和测评。

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段屹等Nature Reviews：用噬菌体治疗消化道疾病（一图读懂）

除了肠道中的细菌、真菌，以噬菌体为主的肠道病毒组也与人体健康密切相关。近期研究表明，噬菌体在治疗胃肠道疾病方面有很大潜力。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology最新发表了由加州大学圣迭戈分校的段屹主笔的综述观点文章，总结了噬菌体在维持人类健康和疾病发病机制中的作用、基于噬菌体的治疗方法（包括直接使用噬菌体来治疗肠道疾病）、靶向特定细菌来操纵肠道菌群等方面的研究进展，并对噬菌体临床应用的挑战和未来研究方向进行了展望，值得专业人士关注！我们特别将其中的配图编译为一图读懂，希望能助你长知识。

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类风湿性关节炎

Cell子刊：肠道噬菌体组或可预测类风湿性关节炎高危人群

类风湿性关节炎（RA）是一种自身免疫性疾病，其特征是血清阳性个体存在抗环瓜氨酸蛋白（CCP）抗体，遗传率约为40-60%，确诊RA病人的一级亲属（FDR）中患病风险明显增加。Cell Host and Microbe近期发表的文章，鉴定出RA易感状态相关的独特的肠道噬菌体群，这种肠道噬菌体群或可作为RA出现临床症状前的生物标志物，同时表明研究RA的发病和进展过程中考虑群体水平的细菌-噬菌体互作非常必要。

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肠道病毒组

Cell子刊：稳定、个体化的人类肠道病毒组

人类的肠道中含有大量的病毒，其中绝大部分是噬菌体。在人肠道微生物组的研究中，关于病毒组的研究还比较缺乏。Cell Host and Microbe发表的一项研究，开发了基于宏基因组学的方法工具，能更为深入全面的分析人类肠道病毒组。该研究通过纵向队列分析表明，人肠道病毒组是稳定且高度个体化的，且每个人都存在“持久稳定的个体病毒组”（PPV），由靶向主要肠道细菌类群的烈性噬菌体组成。这些发现为进一步深入研究人类肠道病毒组打下了基础。

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肠道噬菌体组

Cell子刊：人体肠道噬菌体，我们到底知道多少？（综述）

肠道噬菌体组信息对研究肠道菌群-宿主互作具有重要意义。本综述总结了目前研究肠道噬菌体组的方法，以及对噬菌体组组成、结构和动态的了解，同时指出了研究瓶颈和未来发展方向，值得参考。

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粪菌移植(FMT)

噬菌体影响粪菌移植有效性

本文回顾了2017年香港大学Siew C Ng团队发表在《Gut》杂志上的研究成果（http://www.xunludkp.com/papers/read/1053864204），指出了噬菌体组变化影响粪菌移植有效性这一成果的临床意义，原文值得专业人士参考。

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