Guangchuang Yu

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文章数：3篇

余光创等：深度挖掘微生物组的综合R包——MicrobiotaProcess

微生物组学研究已经成为了肠道、土壤与海洋等环境微生物研究的常用方法。下游数据探索分析是其关键步骤之一。随着越来越多的微生物组学研究报道，数据共享与可重复分析也越来越重要。南方医科大学基础医学院余光创团队在The Innovation上发表了最新研究，其团队开发的MicrobiotaProcess中定义了一个可以更好地整合上游输入数据与下游输出结果的MPSE数据结构，并基于此开发了整洁统一的分析功能模块，促进了微生物组学数据的管理与可重复分析。

iMeta：余光创团队开发ggtree最新文章-系统发育树存储与可视化的数据结构

为了提高系统发育数据的可重复性与可重用性，在本研究中，作者设计了ggtree对象用于存储系统发育树，相关数据以及可视化指令，提高了系统发育数据的可重复性与可重用性。Ggtree软件包可以在https://www.bioconductor.org/packages/ggtree/免费获得，在线书籍https://yulab-smu.top/treedata-book/也提供了ggtree的完整参考，其详细说明（文本、图、表、中文翻译版本或视频）也可从线上获取http://www.imeta.science/。

注释数据数据结构 ggtree 系统发育树可视化

国内团队：绝经后骨质疏松与肠道菌群及其代谢物的关系

来自厦门大学附属中山医院的Jian Chen团队、南方医科大学的Guangchuang Yu团队与上海健康医学院的Guohua Zheng团队在《Aging》上发表的一项最新研究，报道了绝经后骨质疏松症患者的肠道菌群多样性及组成变化，以及肠道菌群代谢产物的变化，并鉴定出了与骨密度及骨转化标记物相关的肠道细菌属及菌群代谢产物。

骨质疏松 16S rRNA gene sequencing LC-MS metabolomics Gut microbiota postmenopausal osteoporosis