Zhichao Zhou

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文章数：2篇

METABOLIC：对微生物基因组的功能特征、新陈代谢、生物地球化学和群落尺度功能网络进行高通量分析

作者展示了 METABOLIC 软件（微生物的代谢和生物地球化学分析），它以基于基因组的微生物代谢为基础，能够对菌群生态学和生物地球化学进行一致且可重复的研究，并将推动未培养的生物体整合到代谢和生物地球化学模型中。作者预计 METABOLIC 将使从宏基因组和基因组中更容易解释微生物代谢和生物地球化学，并使菌群研究在不同领域成为可能。METABOLIC 是用 Perl 和 R 编写的，网址为 https://github.com/AnantharamanLab/METABOLIC。

功能性状宏基因组组装基因组 (MAGs) 菌群生物地球化学代谢潜力

VIBRANT：宏基因组中自动恢复、注释、管理和评估病毒组群落功能的新方法

本文介绍了VIBRANT，这是第一种利用混合机器学习和蛋白质相似性的方法，该方法不依赖于序列特征来自动恢复和注释病毒，确定基因组质量和完整性以及从宏基因组学装配中表征病毒群落功能。VIBRANT使用蛋白质特征的神经网络和最新开发的v得分指标，该指标可以规避传统界限，以最大限度地识别裂解性病毒基因组和整合前病毒，包括高度多样化的病毒。VIBRANT突出显示了病毒辅助代谢基因和代谢途径，从而成为评估病毒群落功能的用户友好平台。

VIBRANT 基因组序列神经网络 v-score 微生物群落代谢