Yihua Chen

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生物合成基因簇

陈义华+唐啸宇等：人类相关细菌为适应环境会采用不寻常途径合成3-乙酰化的四聚物

Tetramates类化合物是一类含有吡咯烷-2,4-二酮环结构骨架的天然产物，具有抗菌、抗病毒、细胞毒性和植物毒性等生物活性。近日，深圳湾实验室唐啸宇、中科院微生物所陈义华及团队在Microbiome发表最新研究，系统地阐释了人源细菌产生3-乙酰化内酰胺类天然小分子的机理，并揭示了生境适应性压力可驱使不同细菌产生不同类型内酰胺类化合物以适应不同生存环境的进化策略，值得关注。

生物合成基因簇乙酰化研究论文基础研究变形链球菌

王军+陈义华NBT突破：用人工智能大规模挖掘人肠道菌群中的抗菌肽

抗生素耐药菌（特别是多重耐药菌）对人类健康造成严重威胁，亟需开发新的抗菌药物。生物体（包括肠道微生物）产生的抗微生物肽（AMP）是研发新型抗菌药物的弹药储备库，但受限于已有技术，仍有大量AMP尚未被挖掘出来，人工智能（AI）算法在该领域中有很大的应用潜力。中国科学院微生物研究所王军团队与陈义华团队合作在Nature Biotechnology发表最新研究，结合多种自然语言处理神经网络模型，建立了能自主学习AMP序列特征从而挖掘鉴定新型AMP的AI方法，并用该方法从人肠道微生物组数据中挖掘出181个新型AMP，包括能在体内外有效抑制多重耐药菌的强效AMP。总之，这项概念验证研究不仅为研发抗菌药物提供了大量的候选AMP，也为利用AI从宏基因组数据中挖掘功能肽提供了一个优秀的范例。

药物研发抗菌肽人工智能深度学习宏基因组