完整的 MAG (CMAG)

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HiFi宏基因组测序

Nature子刊：HiFi测序助力组装人类肠道菌群高质量基因组

目前，对人类粪便测序样本进行宏基因组组装很流行。然而，由于存在保守序列、重复序列和可移动序列等，这些MAGs通常存在完整度不足、污染率较高等问题。最近，PacBio的高精度长读段测序（HiFi）已被广泛应用于动植物基因组的组装。近日，韩国延世大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，通过HiFi宏基因组测序成功组装出完整的人类肠道菌群基因组，且不需要binning步骤。相比其他两种软件（metaFlye, HiCanu），hifiasm_meta的组装性能较好。此外，针对可单独或不能单独培养的微生物均可利用HiFi测序组装出高质量基因组。相比二代短读长，利用HiFi测序还组装出高度保守序列（rRNA）和可移动序列（基因岛）。总之，HiFi测序为进一步提高人类肠道菌群基因组质量提供了新视角，但目前测序价格相对昂贵且需要更多的DNA量等问题仍需要改善。

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全宏基因组鸟枪法测序

孙志宏团队：用超深度混合宏基因组测序，研究人类肠道菌群中低丰度物种的基因组和功能

内蒙古农业大学孙志宏团队近期在Gut Microbes发表研究，设计了一种 HiSeq-PacBio 混合、超深度宏基因组测序方法，并用于从 8 名人类受试者获得的 12 份粪便样本中重建宏基因组组装基因组（MAGs），研究结果表明该策略超过了人类肠道菌群中低丰度和超低丰度物种的基因组和功能表征的现有方法。该方法流程能够揭示功能宏基因组水平的更完整信息，突出了深度测序在揭示复杂菌群中存在的稀有物种的全面基因组特征和功能宏基因组潜力方面的价值。

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