Genome assembly algorithms

搜索
登录

Genome assembly algorithms

文章数：2篇

Nature子刊：教你使用 CAMI 基准测试工具包评估宏基因组学软件

计算方法是菌群研究的关键，获得定量且无偏的性能评估对方法开发者和应用研究者很重要。为了在方法之间进行有意义的比较，确定最佳实践和常用示例数据并减少基准测试的计算成本，有必要使用标准化的数据集、过程和度量标准进行评估。在本教程中，作者描述了由较大的研究人员群体共同确定的计算宏组学基准测试中的新兴标准。作者解释了最相关的评估指标，用于评估宏基因组装配/组装，分箱和分析结果，并提供有关如何生成它们的分步说明。本教程将为同行提供参考，并有助于在菌群研究中提供信息丰富且可重复的基准测试。

菌群研究计算方法 CAMI数据集软件性能评测宏基因组

宏基因组学

Nature子刊：宏基因组二、三代混合组装新软件OPERA-MS

二代测序通量高、准确度高，但读长短；三代测序读长长，但错误率高、成本高。将这两者的优势结合，目前在宏基因组领域还没有得到广泛应用，存在很多技术难题没有解决。近日，来自新加坡基因组所的Niranjan Nagarajan课题组发布了一款二、三代测序混合组装软件OPERA-MS，组装结果不仅碱基准确率高，而且短读长数据拼接长度提升了一个数量级。这一重镑成果于7月29日发表于世界顶级期刊《Nature Biotechnology》。

宏基因组学 Clinical microbiology Genome assembly algorithms metagenomics Jing-Min Liu