宏基因组装配基因组

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宏基因组装配基因组

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小鼠肠道菌群

Cell子刊：小鼠肠道宏基因组包含460万个基因和660个基因组的基因集

通常，参考基因目录的生成涉及特定于样品的组装，基因预测以及基因条目的全数据集聚类，以减少冗余。但是，这种方法导致基因条目的物种分类学分辨率降低。这是由于高度相关但截然不同的基因的聚类以及缺乏高分辨率的分类学信息所致。大规模宏基因组学方法面临的一个具体挑战是将特定的16S rRNA基因序列与MAGs连接起来，这通常导致连接率较低。在这里，作者提出了一种综合的方法和相应的计算流程来构建整合的基因目录，从而显著改善了基因条目的物种分类学分辨率，并将基因链接到MAGs(宏基因组装配的基因组）和重建的全长16S rRNA基因。整合的小鼠肠道宏基因组目录（iMGMC）由298个可公开获得的新测序的宏基因组样本构建而成。此外，本文提出了一组另外的MAGs，它们是从898个宏基因组测序样品的单独单样品组装中获得的，与整合到iMGMC中的MAGs一起组成了1,296种细菌水平的细菌基因组。

小鼠肠道菌群基因目录微生物组宏基因组装配基因组 Mouse gut microbiota

生物电化学系统

新观点：代谢无机硫化合物的古菌Ferroplasma可介导细胞外电子传递

新兴的微生物燃料电池技术（MFCs）利用电化学活性微生物氧化底物并将释放的电子转移到阳极，在极端酸性条件下可以利用MFC及极端微生物处理环境污染物。中间硫化物、硫单质、硫代硫酸盐和硫酸腺苷酸的氧化会释放出电子。在酸性自然环境中未被检测到已知的嗜中性微生物胞外电子转移（EET）相关基因，这突出了研究嗜酸微生物中EET机制的必要性。本研究为利用嗜酸微生物燃料电池处理酸性矿山排水（AMD）的无机硫化合物提供了理论基础。

生物电化学系统产电微生物 Ferroplasma 酸性硫杆菌宏基因组装配基因组