扩增子序列变异 (ASV)

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扩增子序列变异 (ASV)

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菌株水平的宏基因组分析

单基因长读长测序阐明了人类肠道菌群中的大肠杆菌菌株动态

肠道菌群因其与健康和疾病的密切关系而备受关注。细菌的基因含量通常不同，导致物种内的功能变异，因此，在生态学和临床意义上，需要比物种水平方法更高的分辨率。本研究中，作者使用高度多样化的细菌鞭毛蛋白基因作为长读长测序中的标记，开发了一种以高分辨率分析菌群中菌株组成的方案，并阐明了人类肠道中详细的种群结构和主要的大肠杆菌菌株更新。

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核心菌群定义和量化的挑战与前景

在过去十年中，“核心菌群“一词已广泛用于微生物生态学，尽管这个术语很受欢迎并且使用越来越多，但对于在实践中应该如何量化核心菌群还没有达成共识。本研究作者对文献的综述表明，“核心菌群”一词对不同的研究人员代表不同的事物，这使得跨宿主和环境的核心菌群的比较分析和元分析非常困难。然单一指标不太可能涵盖核心菌群的所有不同方面，作者希望所提供的信息是开发核心菌群测量的有用起点，这些测量对采样、测序深度和此处讨论的其他问题具有鲁棒性，作者指出这些指标不仅对于测试有关核心菌群的功能和生态作用的特定假设是必要的，而且对于了解核心菌群的一般性质以及在某些微生物与其宿主之间产生和维持这些稳定关联的生态和进化过程也是必要的。最后，作者提供了一组建议，可以作为实现这一目标的起点。

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