单细胞宏基因组学

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单细胞宏基因组学

Nature子刊：CAMMiQ可用于识别和量化宏基因组数据中不同基因组

从高通量测序数据中计算识别和量化不同微生物对于我们了解人类健康至关重要，现有计算方法无法很好地平衡精确度和计算速率之间的问题。近日，印第安纳大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，开发了一种组合优化框架（CAMMiQ），通过灵活处理子串/k-mers长度，用于识别和量化宏基因组数据集中的不同基因组，CAMMiQ可利用更高比例的reads，能更准确识别亚种/菌株水平的基因组。此外，CAMMiQ在实际基因组分类和量化方法中提供了比现有方法更好的灵敏度和特异性，值得关注和尝试。

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