生信

搜索
登录

生信

文章数：1篇

StrainGE：追踪和描述复杂群落中低丰度菌株的工具包

与人类相关的微生物群落不仅是微生物物种的混合物，还包括同一物种不同菌株的混合物，由于研究复杂群落样本中菌株水平上变异存在困难，其含义大多未被充分探讨。Genome Biology最近发表文章，作者开发了一种新的生信工具StrainGE（https://github.com/broadinstitute/StrainGE，可基于conda安装），用于从宏基因组数据集中对感兴趣的物种（或属）进行菌株水平的表征和追踪，专门用于捕捉数据稀少的低丰度菌株。在真实的宏基因组数据中，作者发现StrainGE可识别低丰度菌株，并可追踪不同样本中的菌株（包括菌株混合物中的菌株）。总之，StrainGE的开发为从宏基因组数据中识别和区分低丰度的菌株提供新的方法和见解。

菌株追踪宏基因组生信微生物群