菌株追踪

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文章数：3篇

StrainGE：追踪和描述复杂群落中低丰度菌株的工具包

与人类相关的微生物群落不仅是微生物物种的混合物，还包括同一物种不同菌株的混合物，由于研究复杂群落样本中菌株水平上变异存在困难，其含义大多未被充分探讨。Genome Biology最近发表文章，作者开发了一种新的生信工具StrainGE（https://github.com/broadinstitute/StrainGE，可基于conda安装），用于从宏基因组数据集中对感兴趣的物种（或属）进行菌株水平的表征和追踪，专门用于捕捉数据稀少的低丰度菌株。在真实的宏基因组数据中，作者发现StrainGE可识别低丰度菌株，并可追踪不同样本中的菌株（包括菌株混合物中的菌株）。总之，StrainGE的开发为从宏基因组数据中识别和区分低丰度的菌株提供新的方法和见解。

菌株追踪宏基因组生信微生物群

口腔健康别忽视！大多数口腔菌能在肠道安家

“病从口入”，《eLife》的一项最新研究似乎再次证实了这一点。该研究对比了470名参与者的唾液和粪便菌种，并在菌株水平分析了细菌从口入肠的情况，证实了肠道中定植部分机会致病菌是来自口腔，提示口腔菌群对肠道菌群健康的影响不容小觑。

口腔细菌 computational biology Human infectious disease Microbiology

GR：在菌株层面追踪婴儿的肠道菌群来源

谁/什么是孩子肠道菌群的主要贡献者？Genome Research[IF：11.922]上月发表的一项研究，分析并追踪了婴儿肠道菌群中的菌株来源，证明自然分娩的婴儿的肠道菌群主要来自母亲，其他家人和环境中的菌株在孩子后续成长中也能不断定殖。这种机制或许减少了环境中的机会性菌株在后代肠道中的早期定殖，从而对婴儿肠道菌群发育起保护作用。

垂直传播母婴环境菌株追踪 Y Alan Wang