陈义华 | 热心肠智库

陈义华

中国科学院微生物研究所研究员、中国微生物学会常务理事

陈义华，中国科学院微生物研究所研究员，博士生导师，微生物资源前期开发国家重点实验室常务副主任，中国科学院大学岗位教授。中国微生物学会常务理事、编辑出版工作委员会主任委员、中国遗传学会微生物遗传专业委员会委员。现担任微生物学报副主编，及微生物学通报、mLife等学术刊物的编委。

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陈义华+唐啸宇等：人类相关细菌为适应环境会采用不寻常途径合成3-乙酰化的四聚物

Tetramates类化合物是一类含有吡咯烷-2,4-二酮环结构骨架的天然产物，具有抗菌、抗病毒、细胞毒性和植物毒性等生物活性。近日，深圳湾实验室唐啸宇、中科院微生物所陈义华及团队在Microbiome发表最新研究，系统地阐释了人源细菌产生3-乙酰化内酰胺类天然小分子的机理，并揭示了生境适应性压力可驱使不同细菌产生不同类型内酰胺类化合物以适应不同生存环境的进化策略，值得关注。

2023-06-03

陈卫华+赵兴明等：利用基因组分辨肠道宏基因组学计算策略的调查（综述）

近日，复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新综述，利用4种测序技术（mNGS、PacBio、Nanopore和metaHiC），在三个数据集上评估多种用于基因组解析宏基因组学的计算工具和测序平台，通过多个性能进而确定组装和分箱最佳工具，发现混合组装和基于metaHiC分箱组合的性能表现最好，其次是混合和长读长组装。

2023-05-11

中科院王军/陈义华团队研究入选《卫报》2022年度十大科学进展

入选研究：用人工智能大规模挖掘人肠道菌群中的抗菌肽

2022-12-26

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陈义华+唐啸宇等：人类相关细菌为适应环境会采用不寻常途径合成3-乙酰化的四聚物

① 利用天然感受态的大片段克隆技术对含muc生物合成基因簇（BGC）的变形链球菌UA140异源表达，成功获得高产菌株；② 对关键基因mucD和mucE构建突变株，发现MucD负责产生MUC合成的中间产物M-283；③ 具有mucF基因的BGC通过合成muc可减轻免疫攻击，许多细菌缺乏BGC，但具有将RTC“解毒”为muc的功能性MucF同源物；④ 在63株含muc BGC基因mucA-E的菌株中，超90%分离自人体或与人类密切相关的环境；⑤ TAS1是一类与MUC生物合成机制不同的3-乙酰化TAC。

2023-05-05

王军+陈义华NBT突破：用人工智能大规模挖掘人肠道菌群中的抗菌肽

① 结合3种自然语言处理神经网络模型（LSTM、Attention和BERT），建立一个从序列数据中挖掘抗微生物肽（AMP）的流程，准确率>90%；② 将该方法用于人肠道宏基因组数据，结合宏蛋白质组数据过滤，以及与肠菌的相关性网络分析，鉴定出241个候选AMP；③ 通过化学合成得到216个新型肽，证实其中181个（83.8%）有抗菌作用，这些AMP与已知AMP同源性低；④ 进一步筛选出其中的强效AMP，能通过不同机制有效抑制多重耐药革兰氏阴性致病菌，并在细菌性肺感染小鼠模型中验证了3种AMP的有效性。

2022-03-03

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注：FA表示第一作者；CA表示通讯作者；SA表示高级作者

2023

CAHuman-associated bacteria adopt an unusual route for synthesizing 3-acetylated tetramates for environmental adaptation

Microbiome, 10.1186/s40168-023-01548-4

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2022

CAConstruction and heterologous expression of the di-AFN A1 biosynthetic gene cluster in Streptomyces model strains

Chin J Nat Med, 10.1016/S1875-5364(22)60197-3

CAArtificial intelligence accelerates the mining of bioactive small molecules from human microbiome

CLIN TRANSL MED, 10.1002/ctm2.1011

CADynamic Control Strategy to Produce Riboflavin with Lignocellulose Hydrolysate in the Thermophile Geobacillus thermoglucosidasius

ACS SYNTH BIOL, 10.1021/acssynbio.2c00087

头衔

中国科学院微生物研究所研究员

中国微生物学会常务理事

简介

教育经历

2001年9月~2005年7月：中国科学院微生物研究所，博士

1998年9月~2001年6月：南京农业大学，硕士

1994年9月~1998年6月：南京农业大学，学士

工作经历

2011年4月~至今：中国科学院微生物研究所，研究员

2006年7月~2011年4月：美国威斯康星大学—麦迪逊分校，研究助理

主要研究领域与方向

主要从事微生物天然产物药物生物合成机理和人体微生物活性代谢产物的研究，并在此基础上通过基因组挖掘和合成生物学等手段解析与重构新颖的代谢机制，研发新结构的小分子药物。

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