余光创
南方医科大学基础医学院教授
2017年12月在香港大学获得博士学位,2018年9月任南方医科大学基础医学院生物信息学系教授,2019年7月起任生物信息学系副主任(主持全面工作),2021年5月起任生物信息学系主任。
余光创等:深度挖掘微生物组的综合R包——MicrobiotaProcess
① 为了改善微生物组学下游数据的整合与探索分析,MicrobiotaProcess中定义了MPSE数据结构,从而更好地整合输入数据与中间结果;② MicrobiotaProcess基于tidy framework开发了一系列微生物组学分析功能模块,方便用户自由高效可重复地探索微生物组学数据;③ MicrobiotaProcess提供了许多可视化方法,方便用户快速呈现不同数据整合的清晰、有意义的可视化结果,进而为相关的生物学问题探索提供帮助。
2023-02-02
iMeta:余光创团队开发ggtree最新文章-系统发育树存储与可视化的数据结构
① 系统发育树与形式多样的相关数据可以存储在同一个ggtree图形对象中,从而提高了系统发育数据的可重复性与可重用性;② 系统发育树与相关数据可以从ggtree对象中提取出来,并重新分析以辅助各个学科进行系统发育信息的综合比较研究;③ ggtree图形对象可以被渲染成静态图像,并且保存在该对象中的可视化指令可以类似于Microsoft Word 格式刷操作,从而对不同的树对象进行可视化。
2022-09-28
国内团队:绝经后骨质疏松与肠道菌群及其代谢物的关系
① 纳入33名绝经后骨量减少患者、42名绝经后骨质疏松(PMO)患者及31名健康绝经后女性,进行粪便菌群测序及代谢组学检测;② PMO患者的骨密度和雌激素水平显著降低,骨转化标记物显著升高;③ PMO患者肠道菌群的丰富度和多样性降低,与腰椎BMD显著相关;④ PMO患者的粪便代谢谱失调,N-乙酰甘露糖胺升高,与骨密度负相关,并与细菌变化密切相关;⑤ 骨转化标记物与骨量减少患者中富集的Allisonella菌属、克雷伯菌属和巨球形菌属正相关。
2020-05-11
南方医科大学基础医学院教授
2017年12月在香港大学获得博士学位,2018年9月任南方医科大学基础医学院生物信息学系教授,2019年7月起任生物信息学系副主任(主持全面工作),2021年5月起任生物信息学系主任。
长期致力于通过生物医学、数学和计算机科学的交叉融合,开发生物大数据分析算法和软件,为解决生物医学领域复杂问题提供探索和分析数据的工具;同时通过多组学数据融合,系统性地研究生育与精神类疾病的致病机理。主持国家自然科学基金面上项目和军科委国防科技创新特区项目,在The Innovation、Gut Microbes、Molecular Biology and Evolution等期刊发表论文40余篇,其中8篇为ESI高被引论文,他引频数超过3万次,入选全球高被引学者、全球前2%顶尖科学家榜单和中国高被引学者。
全国高校黄大年式教师团队成员、“101计划”生物信息学课程虚拟教研室成员,主持广东省高校教学质量与教学改革工程建设项目,参编多本国家规划教材,包括两本“101计划”教材。
微生态分析与干预、多组学整合与分析、生物信息学软件工具开发
1.iMeta期刊副主编
2.The Innovation期刊青年编委
3.The Innovation Life期刊编委
4.中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员
5.广东省生物信息学会理事
6.广东省精准医学应用学会微生态医学分会常务委员
7.广东省医学会医学遗传学分会青年委员会副主任委员
8.热心肠智库专家
2020中国高被引学者