朱怀球
北京大学未来技术学院教授
朱怀球,北京大学未来技术学院生物医学工程系/大数据与生物医学人工智能系、北京大学定量生物学中心教授、博士生导师。现任北大未来技术学院党委书记,主要学术兼职有北京生物信息学研究会秘书长、中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员、北京生物医学工程等学术期刊编委。曾任工学院生物医学工程系常务副主任、工学院副院长、党委副书记、北京大学教学指导委员会委员。
仝小林+朱怀球:菌群+多组学,系统阐释2型糖尿病中医证候
中国中医科学院仝小林、北京大学朱怀球与团队近期在Diabetes发表研究,基于2型糖尿病(T2DM)队列的多组学数据,强调了粪便性状在疾病患者分层中的重要性,系统地阐明了不同粪便性状的患者的多组学特征,体现了Blautia干预T2DM的临床应用前景,可望推动T2DM微生物精准治疗的发展。同时,本研究也从微生物组学和多组学的角度,体现了中医证候作为一个重要指标来反应机体整体状态并用于疾病分类诊治的科学意义。
2023-12-29
朱怀球团队:DeePhage——区分宏病毒组中的毒性和温和噬菌体衍生序列的工具
北大朱怀球团队在DeePhage的研究中提出了一种新的计算方法 DeePhage该研究进一步提出了一种新策略来探索菌群中的噬菌体转化。检测这种转变的能力为人们提供了对人类疾病潜在治疗方法的新见解。
2021-09-30
朱怀球团队:从宏病毒组中识别噬菌体片段宿主的工具HoPhage
北京大学朱怀球团队近期在Bioinformatics发表的研究中,考虑到真实群落宏基因组数据中的噬菌体片段长度较短,微生物群落的分类组成复杂,开发了HoPhage(噬菌体宿主),并展示了它在更广泛的候选宿主范围内识别短噬菌体片段宿主的良好性能。
2021-08-21
复杂背后,健康和“不幸”的菌群各有各的相似?
北大教授用生物信息学解码微生物组大数据,有了这几个新认识。
2020-08-06
朱怀球团队:DeePhage——区分宏病毒组中的毒性和温和噬菌体衍生序列的工具
① DeePhage 使用“one-hot”编码形式来详细表示 DNA 序列;② 通过卷积神经网络检测序列特征以获取有价值的局部特征;③ DeePhage 在 5 倍交叉验证上的准确率高达 89%,比 2 个类似工具 PhagePred 和 PHACTS 高出近 10% 和 30%;④ 在真实的宏病毒组中,DeePhage 在使用 BLAST 作为注释时正确预测了最高比例的重叠群,没有明显的偏好;⑤ 在相同的计算配置下,DeePhage 与 PhagePred 和 PHACTS 相比,运行时间分别减少了 245 和 810 倍。
2021-09-08
朱怀球团队:从宏病毒组中识别噬菌体片段宿主的工具HoPhage
① 该研究提出 HoPhage(噬菌体宿主)以从属水平的宏病毒组数据中识别给定的噬菌体片段的宿主;② HoPhage 分别使用深度学习算法和马尔可夫链模型方法,集成为两个模块;③ 在预测 50 个属中的宿主时,HoPhage 在 1 kb 长的人造噬菌体片段的属和门水平上实现了 47.90% 和 82.47% 平均准确度的大幅提升;④ 通过对三个真实的病毒组样本进行测试,HoPhage 在更广泛的参试宿主范围内在属级水平上产生了 81.11% 的平均准确度。
2021-08-12
北京大学未来技术学院教授
朱怀球,北京大学未来技术学院生物医学工程系/大数据与生物医学人工智能系、北京大学定量生物学中心教授、博士生导师。现任北大未来技术学院党委书记,主要学术兼职有北京生物信息学研究会秘书长、中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员、北京生物医学工程等学术期刊编委。曾任工学院生物医学工程系常务副主任、工学院副院长、党委副书记、北京大学教学指导委员会委员。
研究领域为生物信息学和计算生物学,主要研究兴趣包括基于大数据的医学数据挖掘与分析、基因组与微生物组生物信息学方法和技术、基因组演化与生物进化、蛋白质分子动力学等问题。发展的微生物基因组分析与基因预测系列方法被应用于多项微生物基因组测序计划。近年来,致力于发展深度学习、人工智能方法,运用于二代/三代测序技术下的基因组学问题,在病原与病毒的微生物组学分析、人类基因组结构变异检测与疾病关联分析等完成了一系列原创性的工作,申请专利与软件著作权7项。生物信息学算法与工具的工作大部分在Bioinformatics、Nucleic Acids Res.、GPB、GigaScience、Nat. Machine Intelligence等重要刊物发表;近年来与临床医学密切合作,在Gastroenterology、Clin. Gastroenterol. H.、Diabetes等临床领域重要刊物发表一系列的研究工作。进入生物信息学领域以来,共计发表SCI论文近70篇,影响因子超20的论文3篇、超10的7篇,研究结果被Cell、Nature、Nature Methods等正面引用或专门报道。已培养毕业博士生30多人、毕业硕士生20多人,先后获得了北京市优秀博士论文指导教师、北京大学优秀博士论文指导教师、全国优秀博士论文(提名奖)指导教师等。先后获得中国生物医学工程联合学术年会青年优秀论文奖(通讯作者)、中国生物医学工程大会青年优秀论文奖(通讯作者),以及北京大学首届教学优秀奖(研究生部分)、北京大学教学优秀奖、北大宝洁奖教金、北大方正优秀奖教金、埃克森-美孚奖教金、新奥教学责任教授。