① 开发出一种新方法：利用宏蛋白质组学量化人类肠道菌群中蛋白质组水平的功能冗余FR?；② 超深度宏蛋白质组学揭示人类肠道蛋白质组网络具有高蛋白质组水平功能冗余和高嵌套性；③ 蛋白质组网络的嵌套拓扑结构和某些类群蛋白质组之间相对较小的功能距离共同导致人类肠道菌群的高FR?；④ FR?在检测菌群对环境因素的显著反应方面优于多样性指数；⑤ 肠道炎症和特定异生素暴露可显著减少FR?而分类多样性没有显著变化。

① iMetaLab Suite的工具集，为研究者提供一站式宏蛋白质组学解决方案；② iMetaLab Suite包括MetaLab Desktop自动化数据库搜索软件，能够为菌群的蛋白质鉴定和定量提供便利；③ 还包括iMetaReport自动化报告，能够在数据库搜索后自动展示搜索结果和数据集概况，其包含物种分类和功能信息；④ 以及iMetaShiny交互式在线工具集，其涵盖了宏蛋白组学中最常用的功能、分类和统计分析。

① 选取小檗碱及16个小檗碱结构类似物，在体外研究其对7名个体的肠道菌群的影响；② 小檗碱及8个小檗碱结构类似物可导致微生物防御及应激反应相关蛋白的增加；③ 并导致疣微菌门、变形菌门及拟杆菌门蛋白的富集，以及厚壁菌门蛋白的减少，与丁酸盐生成通路相关蛋白及丁酸盐浓度的降低相关；④ 血根碱、白屈菜赤碱及乙氧基血根碱可激活细菌保护机制，富集变形菌门，显著降低丁酸盐生成；⑤ 二氢小檗碱与小檗碱均可富集Akkermansia菌属。

① 建立一种基于体外培养和宏蛋白质组学的方法，能快速测定药物对个体微生物组的组成和功能的影响；② 用该方法测试43种化合物对5个人粪便微生物组的影响；③ 抗生素、小檗碱和布洛芬都可抑制菌群体外生长过程中的生物量积累；④ 39种非抗生素化合物中有35种具有选择性的抗菌活性；⑤ 7种化合物导致了宏蛋白质组的整体改变，包括药物特异性的微生物组功能变化；⑥ 不同药物可影响微生物组不同成员的功能，也可在不改变细菌丰度的前提下改变细菌功能。

① 为分离人体粪便中的不同菌种并加深宏蛋脂质组学检测深度，建立五步差异裂解法；② 超音波和1%十二烷基硫酸钠（SDS）明显增加粪便菌群的蛋白提取种类和量；③ 拟杆菌属等革兰氏阴性菌比例随SDS增加而减少，放线菌和肠杆菌科等革兰氏阳性菌比例随SDS浓度增加而增加；④ 碳水和能量代谢及核糖体翻译的相关蛋白不受提取方法影响，但SDS可提高其提取量；⑤ 低SDS浓度提取液可提取与蛋白修饰和细胞动力相关蛋白，高SDS浓度可提取脂质代谢相关蛋白。

① 宏基因组学、宏转录组学、宏蛋白质组学和代谢组学揭示肠道生态系统的不同信息层级；② 利用生信工具和高级统计方法整合多组学研究数据可深入了解肠道微生物组的组成、功能和代谢活动；③ 多组学研究策略结合静态批量培养体系和微流装置等离体培养技术，可快速筛查药物-微生物组互作并预测药物治疗效果；④ 在这些药物-微生物互作信息的基础上，经多组学研究细分后的患者可接受最有效的药物治疗，靶向干预菌群精准治疗疾病不再遥远。

① 体外肠道菌群模型可促进研究菌群与药物互作，维持体外肠道菌群的组成和功能与体内一致是关键；② 建立一种基于96深孔板的体外培养模型（MiPro），活菌数量在培养24小时后可增加4倍；③ 结合宏蛋白质组学检测技术评估发现，MiPro可维持个体肠道菌群的功能和组成稳定；④ 利用MiPro研究肠道菌群对二甲双胍的反应，体外结果与动物实验的体内结果高度相关；⑤ MiPro可作为药物-菌群互作研究的体外模型，用于菌群靶向药物的高通量筛选。