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方晓东
深圳华大生命科学研究院副院长
哥本哈根大学生物信息学博士，深圳华大基因科技服务有限公司副总裁，首席技术官，广州中医药大学研究员。一直从事与基因组学大规模数据采集、分析和挖掘的科研活动和大规模基因组中心的运营和管理工作。了解生命科学领域的研究和产业发展方向，参与生物信息软件、流程开发，熟悉大规模基因组中心、生物信息学中心的筹建、运营和规划。熟悉新一代测序技术等高通量平台的技术特点和各种测序应用类型的数据特征、分析思路、方法策略。研究结果在包括Nature，Science等国际学术期刊发表文章30多篇，其中并列一作、并列通讯作者文章10多篇，平均影响因子在10分以上。
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方晓东+卞兆祥+李帅成：IBS患者的代谢组和菌群变化
ISME Journal近期发表了广州中医药大学方晓东、香港浸会大学卞兆祥、香港城市大学李帅成作为共同通讯作者的研究，该研究强调了肠易激综合征（IBS）中的血清代谢物变化或能用于临床诊断，提示代谢失调或参与了IBS的发病机理，并为理解IBS抑郁症的合并症提供了新的线索。
2021-11-11
三亚华大生命科学研究院诚聘英才
三亚华大生命科学研究院诚聘英才，欢迎大家积极报名。
2021-10-16
卞兆祥+贾伟+方晓东：梭状芽胞杆菌促进IBS-D患者的胆汁酸排泄
香港浸会大学的卞兆祥团队、上海交通大学附属第六人民医院的贾伟团队及广州中医药大学的方晓东团队合作在 Journal of Clinical Investigation 上发表的一项研究。
2020-01-02
方晓东：总计780分的30篇代表作，见证华大基因10年菌群之旅！
随时间之轮，了解华大十年间在微生物组不同领域所做的30项代表性研究。从人类宏基因组、模式动物参考基因组，到微生物组研究的方法，到菌群与疾病的关系等等。通过这些工作，你可能会全方位了解华大的研究策略和解决问题之道。
2019-08-15
《热心肠日报》解读 更多>>
方晓东+卞兆祥+李帅成：IBS患者的代谢组和菌群变化
① 基于发现和验证队列（330和101人）分析IBS患者的粪便和血清代谢组及粪便菌群；② 相较于健康人，IBS患者菌群失调程度不大，但血清代谢物差异明显，能有效鉴别患者与健康人；③ IBS患者有726种血清代谢物的含量改变，一类脂肪酰辅酶A富集；④ 鉴定出IBS中改变的粪便代谢物和细菌之间的522个关联，3种肠菌与叶酸中间产物二氢蝶酸含量较低相关；⑤ 在粪便和血清代谢组中，色氨酸/5-羟色胺代谢失调（转向生成犬尿氨酸）与IBS抑郁程度相关。
2021-11-08
国内团队：痛风患者的肠道菌群特征
① 与健康对照相比，痛风患者粪便中普雷沃氏菌属、梭杆菌属和拟杆菌属丰度增加，而肠杆菌科和产丁酸菌丰度降低；② 痛风患者果糖、甘露糖代谢和脂质A合成基因丰度升高，尿酸降解和短链脂肪酸合成基因丰度降低；③ 肠杆菌科的减少或降低氨基酸代谢和环境感知功能，加剧疾病症状；④ 基于三个细菌基因的随机森林模型可以较准确地预测痛风；⑤ 降尿酸和抗炎药物可部分恢复患者的肠道菌群；⑥ 与代谢疾病相比，痛风患者的肠道菌群更接近自身免疫病患者。
2021-08-09
浸会大学卞兆祥等：菌群产生的长链饱和脂肪酸可促进排便
① NMS模型大鼠存在结肠运动加速和肠道菌群失调，其结肠内长链饱和脂肪酸（SLCFA）增多；② 含量最高的是十七烷酸和硬脂酸，可促进大鼠结肠肌肉收缩、增加排便频率；③ SLCFA的增多与普氏菌属、乳杆菌属和别样杆菌的丰度上升相关；④ NMS大鼠肠道菌群中，与长链脂肪酸生物合成相关的基因通路富集，必要合成基因Fabs存在于上述三个菌属中；⑤ 粪菌移植表明，NMS大鼠的菌群可增加排便频率和结肠内细菌生成的SLCFA，抗生素处理可逆转这些现象。
2018-06-14
华大基因等：植物-固氮菌共生的进化机制
① 根瘤菌共生固氮仅在豆目、葫芦目、山毛榉目和蔷薇目的部分植物中存在，植物控制结瘤的分子基础尚不清楚；② 完成了10种非结瘤植物的全基因组测序，与已有的结瘤或非结瘤植物基因组一起，共37种进行比较基因组学分析；③ 比较各植物基因组中结瘤起始因子（NIN）、感染、根瘤发育和共生体形成相关的20余基因的获得和丢失事件；④ 发现NIN和感染相关的RPG基因丢失在非结瘤植物中非常常见，可能对调节植物根瘤共生体的形成具有重要意义。
2018-05-24
徐存拴+魏泓+方晓东等：首个中国大鲵编码基因参考文库
① 通过构建高质量编码基因数据库，助力中国大鲵研究；② 对成年娃娃鱼的24个组织进行转录组测序，共得到93366个非冗余转录片段，平均长度为1326bp；③ 首次开发了用于构建高质量中国大鲵参考基因集的高效数据处理管道，并获得了26135个编码基因序列；④ 质量评估软件BUSCO及同源性分析结果显示，构建的基因集涵盖了脊椎动物通用单拷贝中70.6%的同源序列；⑤ 与西藏青蛙蛋白组数据库质量相当的情况下，新构建的转录基因集对编码序列的覆盖度更高。
2017-03-01
代表性文章 更多>>
注：FA表示第一作者；CA表示通讯作者；SA表示高级作者
2023
CASingle-cell and spatiotemporal transcriptomic analyses reveal the effects of microorganisms on immunity and metabolism in the mouse liver
COMPUT STRUCT BIOTEC, 10.1016/j.csbj.2023.06.020
CAMicrobiota-mediated shaping of mouse spleen structure and immune function characterized by scRNA-seq and Stereo-seq
JGG, 10.1016/j.jgg.2023.04.012
CAAssembly and analytical validation of a metagenomic reference catalog of human gut microbiota based on co-barcoding sequencing
FMICB, 10.3389/fmicb.2023.1145315
CANGenomeSyn: an easy-to-use and flexible tool for publication-ready visualization of syntenic relationships across multiple genomes
Bioinformatics, 10.1093/bioinformatics/btad121
2022
CAAssociation of the characteristics of the blood metabolome and gut microbiome with the outcome of methotrexate therapy in psoriasis
Front Immunol, 10.3389/fimmu.2022.937539
CAComparative genome anatomy reveals evolutionary insights into a unique amphitriploid fish
Nat Ecol Evol, 10.1038/s41559-022-01813-z
2021
CAAltered metabolome and microbiome features provide clues in understanding irritable bowel syndrome and depression comorbidity
ISME J, 10.1038/s41396-021-01123-5
点击查看热心肠日报解读
CAComprehensive Study of Germline Mutations and Double-Hit Events in Esophageal Squamous Cell Cancer
FRONT ONCOL, 10.3389/fonc.2021.637431
2018
CABioinformatics applications on Apache Spark
GigaScience, 10.1093/gigascience/giy098
CAThe landscape of somatic mutation in sporadic Chinese colorectal cancer
Oncotarget, 10.18632/oncotarget.25287
发明专利
获得专利3项，软件著作权3项。
头衔
深圳华大生命科学研究院副院长
简介
哥本哈根大学生物信息学博士，深圳华大基因科技服务有限公司副总裁，首席技术官，广州中医药大学研究员。一直从事与基因组学大规模数据采集、分析和挖掘的科研活动和大规模基因组中心的运营和管理工作。了解生命科学领域的研究和产业发展方向，参与生物信息软件、流程开发，熟悉大规模基因组中心、生物信息学中心的筹建、运营和规划。熟悉新一代测序技术等高通量平台的技术特点和各种测序应用类型的数据特征、分析思路、方法策略。研究结果在包括Nature，Science等国际学术期刊发表文章30多篇，其中并列一作、并列通讯作者文章10多篇，平均影响因子在10分以上。
教育经历
哥本哈根大学生物信息学博士
工作经历
2006. 06至今任职于华大基因科技服务有限公司
主要研究领域与方向
通过对基因组、表观组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组等多个层面的组学数据进行分析和整合，探索生物的演化、发育、适应的分子机制，以及重大疾病发生发展的分子机理。
所获荣誉
2010年被评为深圳市国家级领军人才
2016年被评为深圳孔雀人才
相关专家
贾慧珏
复旦大学生命科学学院/粤港澳大湾区精准医学研究院（广州）研究员
肖亮
深圳华大生命科学研究院宏基因组方向负责人
尹烨
华大基因CEO
其他专家 更多>>
陈峰
北京大学口腔医院微生物平台负责人
樊赛军
中国医学科学院/北京协和医学院放射医学研究所副所长
袁慧娟
河南省人民医院内分泌科主任
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