肖亮
深圳华大生命科学研究院宏基因组方向负责人、深圳市人体肠道微生态检测与干预工程实验室主任
肖亮,博士,正高级研究员,深圳华大生命科学研究院精准健康研究所执行所长、主任科学家,深圳市人体共生微生物检测与干预工程实验室主任,华南农业大学兼职教授,西北大学兼职教授,中国科学院大学博士生导师,郑州大学硕士生导师,深圳市后备级人才,深圳市医学会微生态委员会委员,国家自然科学基金委函评专家,Frontiers in Microbiology杂志评审编辑,iMeta期刊青年编委。2010年进入深圳华大生命科学研究院宏基因组研究所,作为技术骨干及项目负责人先后参与了宏基因组16S rDNA测序、分析流程开发,西班牙新生儿肠道菌群分析,贵州茅台酒厂环境宏基因组研究(贵州省科技厅合作项目),加拿大婴儿脑部未知病原筛查,仔猪腹泻宏病毒组研究,模式动物肠道宏基因集构建,多发性硬化症疾病研究等项目。主导、参与多项与丹麦,法国,挪威等国研究机构合作的科研项目,以第一作者,通讯作者及共同作者身份,在Nature Biotechnology,Nature Microbiology,Nature Medicine,Cell Host & Microbe等期刊发表多篇科研论文,总计引用次数10,000余次,H-index 27。作为项目负责人主持国自然面上项目一项及深圳市技术开发项目一项,参与国家、省市级科研项目多项。现主要从事人体健康相关宏基因组学方面的科学研究与干预产品研发工作,已申请相关发明专利30余项,已获批8项,作为主要完成人完成1项相关国家标准的制定。
肖亮+邹远强等:人类口腔培养细菌参考基因组目录
① 提出了口腔培养细菌基因组参考目录 (COGR),含1089个高质量基因组,通过需氧和厌氧模式从志愿者的牙菌斑、舌头和唾液中分离;② COGR涵盖5个门和195个物种级簇,其中95个含315个基因组,代表未分类注释物种,在类风湿关节炎患者口腔中也识别到几种未知细菌;③ COGR基因组中含丰富的CAZymes基因,且口腔菌群在个体间存在显著差异,有111个菌群是个体特异性的;④ 链球菌属成员在COGR中占比最大,多种拥有对生物膜形成至关重要的完整途径。
2023-07-03
肖亮+邹远强等Nature子刊:新的可培养人类肠道细菌参考基因组景观图
① 提出了培养基因组参考的实质扩展版本CGR2,含3324个高质量分离株基因组草图,源于健康中国人粪便样本;② CGR2对8个门527个物种(179种以前未被鉴定)重新分类,并揭示了产气柯林斯菌的基因组和功能多样性;③ CGR2基因组与UHGG中126个未培养的代表宏基因组组装基因组相匹配,并含3767个未鉴定的次级代谢产物生物合成基因簇;④ 通过系统发育树探索了肠道中噬菌体的进化特征,共2117个聚集性噬菌体分为317个病毒簇,寄宿在315种细菌宿主上。
2023-03-25
揭著业+贾慧珏:人类口腔微生物基因组目录
① 研究收集了4154例人类口腔宏基因组样本,重新组装获得56213个质量合格宏基因组组装基因组(MAG);② 整合公共数据库及已发表的宏基因组数据,新获得的MAG中的物种水平基因组(SGB)大于参考库,可代表口腔宏基因组数据;③ 高质量MAG中uSGBs构成的进化枝发现了无胆甾原体目中新的细菌类群Candidatus Bgiplasma;④ 菌株水平检测到奈瑟菌属、卟啉单胞菌属和普氏菌属等,预测了人类疾病相关基因;⑤ 发现一株在男性中富集的弯曲杆菌属菌株。
2021-09-04
复旦+华大:迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究
① 采用宏基因组测序法检测了822个健康汉族人群面部皮肤菌群的样本,结合HMP数据,构建了首个皮肤菌群基因集iHSMGC;② 表皮葡萄球菌属是皮肤菌群耐药基因的重要来源,耐药基因的分布具有微生物特异性和部位特异性;③ 发现了中国汉族人群显著富集的一种皮肤微生物奥斯陆莫拉菌;④ 基于皮肤菌群鉴定出了2种广泛存在的皮肤亚型,分别以痤疮丙酸杆菌和奥斯陆莫拉菌为指示菌;⑤ 2种皮肤亚型表现出不同代谢功能特征,或与宿主提供的营养不同有关。
2021-02-17
张涛+贾慧珏+侯勇:深度剖析中国人的遗传-菌群关联
① 纳入632名中国人,通过深度全基因组和宏基因组测序,分析宿主遗传和肠道菌群的关联,并在另外663人的队列中进行验证;② 鉴定出与特定细菌分类群显著相关的37个基因座、47个基因和18个拷贝数变异,可共同解释至少20%的肠道菌群组成;③ 这些遗传信号主要集中在代谢、神经和免疫功能等方面;④ 鉴定出2个与肠型有关的基因座,解释11%的普氏菌肠型和拟杆菌肠型的差异;⑤ 鉴定出33个男性特异和37个女性特异的菌群-宿主遗传关联。
2021-02-09
马现仓+贾慧珏等:精神分裂症患者的肠道微生物组特征
① 收集90例未经治疗的精神分裂症患者和81例对照的粪便样本,通过宏基因组关联分析鉴定出83个相对丰度有显著差异的OTU;② 患者菌群中,兼性厌氧菌和口腔菌增多,短链脂肪酸合成、色氨酸代谢、多种神经递质的合成/降解等功能潜力发生改变;③ 包含26个OTU的诊断模型可较准确的区分患者和对照(AUC=0.896),并在测试队列中得到确认(AUC=0.765);④ 移植患者中富集的前庭链球菌,可诱导小鼠的精神分裂症样行为、改变外周神经递质水平。
2020-03-31
马现仓+贾慧珏等:肠道菌群异常可影响色氨酸代谢,促进小鼠精神分裂症状
① 给抗生素处理的小鼠移植健康人(HC)或精神分裂症(SCZ)患者的粪菌;② SCZ小鼠有精神运动亢进和认知损伤等SCZ样症状;③ SCZ小鼠的色氨酸(Trp)水平降低,大脑和血液中Trp分解代谢的犬尿氨酸(Kyn)-犬尿喹啉酸(Kyna)通路活性上升,脑内特定区域的神经递质多巴胺和5-羟色胺增多;④ SCZ小鼠的结肠腔滤液可促进Trp-Kyn-Kyna代谢途径关键酶IDO1和KAT II的活性;⑤ HC和SCZ小鼠的肠道菌群组成和功能有差异,可能影响Trp代谢和神经递质水平。
2019-08-07
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
深圳华大生命科学研究院宏基因组方向负责人
深圳市人体肠道微生态检测与干预工程实验室主任
肖亮,博士,正高级研究员,深圳华大生命科学研究院精准健康研究所执行所长、主任科学家,深圳市人体共生微生物检测与干预工程实验室主任,华南农业大学兼职教授,西北大学兼职教授,中国科学院大学博士生导师,郑州大学硕士生导师,深圳市后备级人才,深圳市医学会微生态委员会委员,国家自然科学基金委函评专家,Frontiers in Microbiology杂志评审编辑,iMeta期刊青年编委。2010年进入深圳华大生命科学研究院宏基因组研究所,作为技术骨干及项目负责人先后参与了宏基因组16S rDNA测序、分析流程开发,西班牙新生儿肠道菌群分析,贵州茅台酒厂环境宏基因组研究(贵州省科技厅合作项目),加拿大婴儿脑部未知病原筛查,仔猪腹泻宏病毒组研究,模式动物肠道宏基因集构建,多发性硬化症疾病研究等项目。主导、参与多项与丹麦,法国,挪威等国研究机构合作的科研项目,以第一作者,通讯作者及共同作者身份,在Nature Biotechnology,Nature Microbiology,Nature Medicine,Cell Host & Microbe等期刊发表多篇科研论文,总计引用次数10,000余次,H-index 27。作为项目负责人主持国自然面上项目一项及深圳市技术开发项目一项,参与国家、省市级科研项目多项。现主要从事人体健康相关宏基因组学方面的科学研究与干预产品研发工作,已申请相关发明专利30余项,已获批8项,作为主要完成人完成1项相关国家标准的制定。
2006年9月~2010年6月:南开大学,微生物学专业,理学博士
2003年9月~2006年6月:南开大学,微生物学专业,理学硕士
1999年9月~2003年6月:北京工商大学,生物工程专业,工学学士
2010年8月~至今:深圳华大生命科学研究院,基因组学,研究员