Liang Xiao

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文章数：14篇

肖亮+邹远强等：人类口腔培养细菌参考基因组目录

口腔内有高度多样化的微生物群落。然而，分离物种和高质量基因组的数量有限。近日，华大基因的肖亮、邹远强及团队在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究。通过需氧和厌氧模式从志愿者的牙菌斑、舌头和唾液中分离口腔菌群，建立了口腔培养细菌基因组参考目录，含1089个高质量基因组，并识别到多种未分类注释物种，值得关注。

口腔菌群培养组学研究论文基础研究参考基因组

参考基因组

肖亮+邹远强等Nature子刊：新的可培养人类肠道细菌参考基因组景观图

独立于培养物的宏基因组研究彻底改变了人们对肠道菌群的理解。然而，缺乏来自培养物种的完整基因组仍然是阻碍深入研究肠道菌群的高墙。近日，深圳华大基因邹远强、肖亮及Karsten Kristiansen在Nature Communications发表最新研究，提出了一个扩展版的培养基因组参考CGR2，包含3324个高质量的分离株基因组草图，这些分离株是从大规模培养的健康中国个体的粪便样本中分离的。总之，该研究为更全面探索人类肠道菌群及相关代谢产物提供了宝贵的资源，值得关注。

参考基因组人类肠道研究论文基础研究培养组学

口腔微生物组

揭著业+贾慧珏：人类口腔微生物基因组目录

华大基因的揭著业、贾慧珏与团队近期在Genomics, Proteomics & Bioinformatics上发表文章，阐述并提供了一个人类的口腔菌群基因组参考，高度代表未用于基因组装，可以促进细菌培养、功能筛选、疾病诊断和基于口腔微生物群的调节的宏基因组样本。值得专业人士仔细阅读。

口腔微生物组宏基因组组装基因组(MAGs) 研究论文

复旦+华大：迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究

近年来，越来越多的微生物组研究将目光从肠道转向了肠外。其中，皮肤菌群备受关注。此前的研究已表明皮肤菌群对皮肤外观和皮肤健康具有重要作用。但是由于皮肤菌群的生物量较低，已发表的大多研究均采用了16S rRNA测序法。近期，复旦大学生命科学学院王久存团队与深圳华大生命科学研究院发表于Microbiome的这篇文章，采用宏基因组测序法检测了超过800个来自健康中国汉族人群面部皮肤菌群样本，分析了皮肤菌群的组成和功能特点，并提出了两种不同的皮肤亚型，加深了我们对皮肤菌群的理解。这些结果将有助于我们后续进一步探究皮肤菌群与皮肤疾病之间的关系。

皮肤菌群

遗传-菌群互作

张涛+贾慧珏+侯勇：深度剖析中国人的遗传-菌群关联

人体遗传因素在一定程度上能影响肠道菌群的组成和功能，但相关研究尚未充分开展。Cell Discovery近期发表了深圳华大生命科学研究院张涛、贾慧珏、侯勇与研究团队的成果，纳入近1300名中国人，首次通过深度的全基因组和宏基因组测序，分析了宿主遗传（常见变异、罕见变异和拷贝数变异）与肠道菌群之间的关联，并首次揭示了这些关联中的性别差异。这些发现对于研究宿主遗传因素对肠道菌群的影响及其在健康与疾病中的作用，有重要参考意义。

遗传-菌群互作微生物组全基因组关联分析性别差异

精神分裂症

马现仓+贾慧珏等：精神分裂症患者的肠道微生物组特征

肠道菌群可作用于肠脑轴，与神经疾病的发生存在密切关联。Nature Communications最新发表了来自西安交大一附医院马现仓团队和华大基因贾慧珏团队等的合作研究，鉴定出精神分裂症相关的人肠道微生物组的组成和功能特征，为进一步研究其发病机制和治疗方法提供了新线索。有兴趣的读者不妨结合阅读一下他们团队去年发表的一篇相关论文（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1099252167），会有更多收获。

精神分裂症 Risk factors schizophrenia 宏基因组关联分析肠道微生物组

菌群-肠-脑轴

马现仓+贾慧珏等：肠道菌群异常可影响色氨酸代谢，促进小鼠精神分裂症状

Molecular Psychiatry最新发表了由西安交通大学附属第一医院马现仓和华大基因贾慧珏等主导的研究，用粪菌移植等方法表明肠道菌群异常可促进精神分裂症，一定程度上与菌群引起的色氨酸代谢异常（色氨酸-犬尿氨酸-犬尿喹啉酸通路上调）有关，提示菌群-肠-脑轴在精神分裂症中的重要作用。

菌群-肠-脑轴精神分裂症粪菌移植小鼠色氨酸代谢

肠道细菌参考基因组

华大基因团队：1520个人肠道单细菌参考基因组，助力菌群研究

华大基因的肖亮、贾慧珏和李俊桦与团队的重要研究，近期在Nature Biotechnology发表。该研究通过培养组学方法，从健康人粪便样本中获得1520个单菌基因组草图，对现有的人肠道细菌参考基因组有很大补充；并通过功能注释和泛基因组分析，加深了对肠道细菌功能和特点的了解。这些成果将助力人肠道宏基因组学分析和相关应用转化研究，值得专业人士仔细阅读。

肠道细菌参考基因组肠道菌群培养组学宏基因组学肠道菌群功能

食蟹猴肠道微生物组

华大基因：建立食蟹猴的肠道微生物组基因目录

食蟹猴在遗传和生理上与人类相似，是生物医学研究和药物研发的常用模式生物。华大基因在GigaScience发表一项最新研究，用宏基因组测序方法，建立了食蟹猴肠道微生物基因目录，分析了其功能通路，并与人、猪和小鼠进行比对，为今后以食蟹猴为模型进行肠道菌群和相关人类疾病的研究，打下坚实基础。

食蟹猴肠道微生物组 Macaca fascicularis gut microbiota gene catalog gut microbiome core genera

粪便样品储存

华大基因：用于室温储存粪便样品的低成本试剂

Microbiome[IF：8.496]发表了来自华大基因团队的最新成果，研发出一种低成本的基于N-溴代正辛烷基吡啶的试剂配方，可用于在室温条件下储存粪便样品2周时间，可用于样品的远距离运输，推荐专业人士参考。

粪便样品储存 Fecal sample Metagenomic sequencing N-octylpyridinium bromide Room temperature storage

Microbiome：高脂饮食而非肥胖导致小鼠肠道菌群改变

胖老鼠的肠道菌群发生改变，是因为它胖，还是因为它吃了不健康的食物呢？这篇文章有答案！吃，看来是肠道菌群扰动的最大因素之一！

高脂饮食肥胖 C57BL/6J mice 129S6/Sv mice Obesity High-fat feeding Microbiota Microbiome Indomethacin

类风湿关节炎

类风湿性关节炎患者口腔及肠道菌群受到扰乱且在治疗后部分恢复

① 纳入类风湿关节炎患者（RA）及健康人的粪便、牙齿及唾液样品，分析三个部位样品菌群组间差异；② RA患者口腔及肠道菌群失调，且具有一致性，治疗后菌群可部分恢复；③ RA患者样本中，嗜血杆菌属消失殆尽且与血清抗体水平呈负相关，唾液乳酸杆菌过表达且与RA活跃程度正相关；④ 在功能上，RA患者体内的氧化还原环境、铁、硫、锌和精氨酸的转运和代谢发生改变；⑤ 检测到与RA相关的人类抗原的分子拟态，提出利用菌群进行预后和诊断的可能方法。

类风湿关节炎口腔菌群肠道菌群 W H Wilson Tang Stanley L Hazen

婴儿肠道微生物

Cell子刊：出生第一年，人的肠道菌群会怎么变？（综述）

① 纳入98对母子，并对其出生后第一年的肠道微生物进行测定；② 与经阴道分娩的婴儿相比，剖腹产婴儿的肠道微生物群与母亲肠道微生物群的相似性明显降低；③ 营养和外源代谢的变化标志着肠道微生物群的成熟；④ 营养对早期微生物群的组成和功能有重大影响，停止母乳喂养对于婴儿肠道微生物转变为成人样微生物群是必需的，而引入固体食物是非必需的；⑤ 微生物群落的组成和生态网络在每个采样阶段都具有不同的特征，与微生物群落的功能匹配相一致。

婴儿肠道微生物母乳喂养

复旦+华大：迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究

近年来，越来越多的微生物组研究将目光从肠道转向了肠外。其中，皮肤菌群备受关注。此前的研究已表明皮肤菌群对皮肤外观和皮肤健康具有重要作用。但是由于皮肤菌群的生物量较低，已发表的大多研究均采用了16S rRNA测序法。近期，复旦大学生命科学学院王久存团队与深圳华大生命科学研究院发表于Microbiome的这篇文章，采用宏基因组测序法检测了超过800个来自健康中国汉族人群面部皮肤菌群样本，分析了皮肤菌群的组成和功能特点，并提出了两种不同的皮肤亚型，加深了我们对皮肤菌群的理解。这些结果将有助于我们后续进一步探究皮肤菌群与皮肤疾病之间的关系。