宏基因组关联分析

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宏基因组关联分析

文章数：6篇

宿主基因组多态性

刘小敏+张涛+贾慧珏：基因决定口腔微生物组组成

人类口腔内有超过十亿的口腔微生物组，这些微生物不仅仅在口腔中发挥重要的作用。而且可以通过吞咽的方式进入消化道的其他位置，例如肠道，从而影响肠道微生物组，对人体的健康产生重要的影响。多个宏基因组研究均提示，口腔微生物组与风湿性关节炎、结肠癌、2型糖尿病等疾病有一定的关系。肠道微生物组的研究发现，人类遗传因素与肠道微生物组组成具有相关性。但是，高度动态变化的口腔微生物组是否也与宿主遗传因素具有一定的相关性呢？这一问题目前尚没有证据证明。近期深圳华大生命科学研究院刘小敏、张涛和贾慧珏作为共同通讯作者，在Cell Discovery上发表的最新工作，首次通过大样品基因组测序探索了宿主基因组对口腔微生物的影响，发现了5个影响口腔微生物组的显著性位点，并应用人工智能学习的方法探索了基因组和微生物对牙周疾病的预测性能，取得了较好的结果。

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系统性红斑狼疮

日本SLE患者的肠道菌群组成及功能特征

肠道菌群变化与系统性红斑狼疮（SLE）的发病机制相关。Annals of the Rheumatic Diseases上发表的一项最新研究，通过宏基因组关联分析，对比鉴定了SLE患者与健康对照之间的肠道菌群组成及功能差异，并通过整合GWAS及血浆代谢产物数据，揭示了SLE特异性菌群特征与宿主基因组及代谢产物的关联。

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精神分裂症

马现仓+贾慧珏等：精神分裂症患者的肠道微生物组特征

肠道菌群可作用于肠脑轴，与神经疾病的发生存在密切关联。Nature Communications最新发表了来自西安交大一附医院马现仓团队和华大基因贾慧珏团队等的合作研究，鉴定出精神分裂症相关的人肠道微生物组的组成和功能特征，为进一步研究其发病机制和治疗方法提供了新线索。有兴趣的读者不妨结合阅读一下他们团队去年发表的一篇相关论文（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1099252167），会有更多收获。

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类风湿关节炎

宿主基因组、肠道菌群宏基因组与类风湿关节炎之间的关联

Annals of the Rheumatic Diseases上发表的一项最新研究，对类风湿关节炎（RA）患者及健康人的肠道菌群进行了宏基因组关联分析，鉴定出了一些与RA相关的菌种及菌群功能，并发现了一些具有人种特异性的RA相关的宏基因组-宿主基因组关联，提示宿主基因组、肠道菌群及RA的发病机制之间存在密切联系。

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FM：机器学习预测作物生产力

非常有价值的研究，对不同生产率地区的土壤微生物进行测序分析，并以此开发机器学习算法，预测土地生产率，很酷！智慧的农业应该要多依赖点这样的微生物研究，靠谱！

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宏基因组关联分析

Nature Reviews：王俊&贾慧珏教你MWAS怎么玩！

碳云智能的王俊和华大基因的贾慧珏最新发表在Nature Reviews Microbiology的综述，系统介绍了MWAS，这是相关研究者近期最值得看的综述之一。而上周Nature专辑发表的综述中，也系统阐述了MWAS，相关研究和应用的精彩大幕，已然揭开。

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