微生物组全基因组关联分析

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微生物组全基因组关联分析

文章数：9篇

宿主-菌群互作

傅静远等Nature：大规模解析人体与肠菌的基因互作，揭示血型如何影响肠菌

宿主与其肠道菌群的共生关系在漫长的演化过程中不断磨合，宿主遗传学因素对肠道菌群多样性和特定类群丰度的影响已得到公认，但对于人类基因组与肠道微生物组间的遗传学互作，目前仍所知甚少。荷兰格罗宁根大学傅静远教授团队与合作者在Nature发表的一项最新研究，对荷兰9000多人的人类遗传变异SNP与肠道微生物基因组结构变异（SV）之间的关联进行了荟萃分析，发现了特定肠菌SV与人类ABO血型和分泌型状态间的密切关系，揭示了该关联背后的肠菌代谢途径（利用宿主分泌的特定糖分子作为碳源），探索了肠菌的这一代谢功能在宿主ABO基因型与特定肠菌丰度关联中的介导作用，以及对宿主健康的潜在影响。总之，该研究揭示了人体“第一基因组”与共生菌群“第二基因组”之间交互作用的冰山一角，表明人类基因组和肠道微生物组中的基因关联可以为宿主与菌群间的相互关系提供功能性见解，把研究深度从分析微生物种类进一步推向菌群的功能通路和基因水平。

宿主-菌群互作人肠道菌群微生物结构变异遗传学遗传-菌群互作

遗传-菌群互作

Cell子刊：大型多种族队列研究，揭示肠道菌群与宿主遗传的关联

人类基因组与肠道微生物群存在关联，但相关研究主要基于欧美人群，其他不同种族的宿主基因型-微生物组的关联仍待揭示。Cell Host and Microbe近期发表研究，在6个不同种族的4117名受试者中进行了大规模的微生物组全基因组关联研究，鉴定出种族特异性和共同的宿主基因组-肠道微生物关联，并结合泛英国生物库的数据，通过孟德尔随机化分析评估了肠道微生物对心血管代谢的潜在因果关系。

遗传-菌群互作微生物组全基因组关联分析心血管代谢种族孟德尔随机化

宿主-菌群互作

宿主遗传、菌群与疾病间的关联

既往研究鉴定出一系列人类肠道微生物组关联变异（MAVs），将人类的遗传变异与肠道微生物组的组成或其中特定微生物的相对丰度联系起来。但这些关联对疾病等临床特征的影响，尚待揭示。PNAS近期发表的这项研究，基于已发表的数据，收集整理了近千个MAVs，建立一套基因组、微生物组和人类疾病之间的关系。

宿主-菌群互作微生物组全基因组关联分析菌群相关疾病肠道菌群宿主遗传

微生物组全基因组关联分析

Nature子刊：宿主遗传如何影响肠道菌群？现状、挑战和方向（观点）

宿主遗传因素可一定程度上影响肠道菌群。Nature Genetics发表的这篇观点文章，讨论了微生物全基因组关联研究（mbGWAS）的技术现状、面临的挑战，以及微生物组遗传分析的未来方向。

微生物组全基因组关联分析

张涛+贾慧珏：Nature子刊揭示肠道菌群与血液代谢物间的因果关系

肠道微生物组与人体的生理状态和疾病密切相关，但这些关联是否具有因果关系仍存争议。Nature Genetics最新发表了深圳华大生命科学研究院张涛和贾慧珏作为共同通讯作者的研究，收集分析了3432名中国人的全基因组、粪便宏基因组、人体测量学和血液代谢物数据，通过M-GWAS以及双向孟德尔随机化分析，鉴定出肠道微生物组（如特定微生物分类单元及菌群功能）与血液代谢物水平之间的潜在因果关系，为进一步揭示菌群与表型和疾病关系以及潜在干预方法，提供了新的证据和假说。

肠道菌群孟德尔随机化血液代谢物微生物组全基因组关联分析

遗传-菌群互作

张涛+贾慧珏+侯勇：深度剖析中国人的遗传-菌群关联

人体遗传因素在一定程度上能影响肠道菌群的组成和功能，但相关研究尚未充分开展。Cell Discovery近期发表了深圳华大生命科学研究院张涛、贾慧珏、侯勇与研究团队的成果，纳入近1300名中国人，首次通过深度的全基因组和宏基因组测序，分析了宿主遗传（常见变异、罕见变异和拷贝数变异）与肠道菌群之间的关联，并首次揭示了这些关联中的性别差异。这些发现对于研究宿主遗传因素对肠道菌群的影响及其在健康与疾病中的作用，有重要参考意义。

遗传-菌群互作微生物组全基因组关联分析性别差异

遗传-菌群互作

Nature子刊：1.8万人数据揭示遗传因素如何影响人肠道菌群

肠道菌群的组成受到饮食、药物等诸多因素的影响，宿主遗传因素也在一定程度上影响菌群特征，但相关研究还比较缺乏。Nature Genetics最新发表了由荷兰格罗宁根大学医学中心团队领导的MiBioGen国际联盟研究，中科院微生物所王军研究员是该论文的共同第一作者，格罗宁根大学傅静远教授为共同作者。该研究纳入了欧美、中东、东亚多个国家和种族的24个队列、超过1.8万人的基因组和肠道菌群数据，揭示了肠道菌群在不同人群间的异质性，鉴定出若干可遗传的细菌类群以及31个影响菌群组成特征的基因位点（例如：乳糖酶基因可影响双歧杆菌、岩藻糖转移酶基因可影响特定瘤胃球菌），并通过基因集富集分析、全表型组关联研究和孟德尔随机化方法等，探索了遗传-微生物关联对宿主健康相关特征的潜在影响，包括特定肠道细菌与人类疾病间的因果效应等。该研究是迄今规模最大的人类遗传与肠道菌群的关联性研究，推荐专业人士参考和研读。

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郑钜圣+陈裕明+王军：看似不同的疾病，却可能有相似的菌群特征

疾病与菌群之间的因果关系是菌群研究的一大焦点。Microbiome最新发表了西湖大学郑钜圣、中山大学陈裕明和中科院微生物所王军与团队的研究，在中国人群中分析了遗传对肠道菌群的影响，然后通过双向孟德尔随机化分析，研究了人肠道菌群与复杂疾病之间的因果关系，并根据菌群特征的共性和特性对不同疾病进行了聚类，发现一些看似不同的疾病，可能有着相似的菌群特征，提示这些疾病之间可能在病因机制上存在关联。

肠道菌群遗传疾病 gut microbiome host genetics

微生物组全基因组关联分析

Nature子刊：遗传与肠道菌群特征的新关联

遗传是影响微生物组的因素之一，但目前人们对这一领域的认识仍很有限。《Nature Microbiology》发表的一项最新研究，在1个比利时队列和2个德国队列中进行了微生物组全基因组关联分析，鉴定出多个菌群与宿主遗传之间的新关联，并用孟德尔随机化方法分析了特定肠道菌与疾病表型的潜在因果关系，推荐专业人士关注。

微生物组全基因组关联分析 Genetics Microbiome Quantitative trait 宿主-菌群互作