于君教授长期致力于消化系统肿瘤机制和防治研究，包括肠道微生态和肿瘤的研究20年。发表SCI论文400余篇，影响因子10以上85篇。获奖30余项。主编英文专著2部，参与编写英文专著12部。国内外专利30多项。
消化系统肿瘤机制和防治（包括肠道微生态和肿瘤学研究等）。
兼任长江学者讲座教授、美国消化协会肿瘤常务理事、美国消化协会微生态常务理事、国际肿瘤微生态学会常务理事、美国胃肠病学院fellow、香港科协副主席、香港免疫协会主席 （2017-2018）、中国抗癌协会肿瘤与肠道微生物专业委员会副主任委员、中国医药生物技术协会慢病管理分会副主任委员、海峡两岸医药卫生交流协会消化病分会副主任委员、粤港澳大湾区消化协会副主席、中华医学会传染病及微生态学会常委、香港肿瘤学会常务理事等。
兼任北京大学、中山大学、浙江大学、上海交通大学、第四军医大学、中科院深圳先进院、西安交通大学、河北医科大学、广州医科大学、天津医科大学、香港大学等荣誉或者客座教授。
现任J Gastroenterol Hepatol 副总编辑、Oncogene副主编; Life Science副主编 (2007-2015); Gut、Sci Rep、中华消化杂志 等杂志编委。
