朱瑞新教授所领导的团队致力于生物信息驱动（数据驱动）的宏基因组相关研究，尤其擅长于宏基因组相关算法开发以及微生物与宿主或环境互作分析。 以第一或通讯作者身份(含并列)在包括Nature Ecology & Evolution, Nature Microbiology, The Lancet Gastroenterology & Hepatology，Cell Reports Medicine, Nature Communications 和 Gut等知名期刊发表SCI论文65篇。 主编出版了国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材：《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》（朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3）。 任期刊Frontiers in Pharmacology(IF=5.81)和Frontiers in Microbiology(IF=5.64)副主编。 已培养出2名独立PI。

消化道疾病的基础和转化研究，相关疾病包括炎症性肠病、脂肪肝、肥胖、代谢综合症、胃酸相关疾病、肠易激综合征和便秘。2010年开始从事疾病相关的肠道菌群研究，率先发表了肠道菌群在非酒精性脂肪肝病理发生发展中的作用，以第一兼通讯作者发表在Hepatology（IF=15, 单篇他引超过1000次）。朱博士还率先发表了便秘病人肠道菌群结构功能的变化。有关菌群研究的代表性成果第一或通讯作者发表在Nature Communications、Hepatology （两篇）、Gut（IF =19，两篇）等高影响力期刊。其他第一或通讯作者论文发表在Lancet Gastroenterology & Hepatology（两篇）、Journal of Pathology 等杂志。多次受邀在国际会议和研究机构作主旨演讲。