Anna Paola Carrieri

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文章数：4篇

Faith系统发育多样性

Rob Knight团队：Faith系统发育多样性的高效计算及其在菌群特征分析中的应用

基于系统发育、系统基因组树和稀疏数据分析的算法和资源进步的推动，作者开发了一种新的算法——即 Stacked Faith 的系统发育多样性 (SFPhD)，用于快速计算 Faith's PD。此外，作者旨在证明基于系统发育分析的在宏基因组研究中是值得关注的角度，之前在这些研究中该指标不常使用。基准测试的代码可在 GitHub (https://github.com/biocore/faiths-pd-benchmarking) 上找到。对 FINRISK 宏基因组数据进行基准测试所需的数据和代码也可在 GitHub 上获得。SFPhD 代码可在 unifrac Python 包 (https://github.com/biocore/unifrac) 中找到。

Faith系统发育多样性 SFPhD 计算资源多样性差异算法

宏基因组学

Nature子刊：刘洋彧、Rob Knight等评测不同宏基因组物种定量方法及其对结果的影响

本文通过严谨的论证分析，量化了宏基因组学物种分类工具所产生的两种相对丰度类型的差别，对于混淆两种丰度所产生的影响进行了全面系统地研究。作者通过数据模拟，对宏基因组物种分类工具的输出结果进行了深度解读，提出了基于不同丰度类型的双层评价标准，为解决微生物组研究中如何选择宏基因组学物种分类工具的问题提供了重要依据，也对微生物组标准化研究提出了一系列建设性的意见。作者呼吁整个菌群研究界应更多地关注由于忽视序列丰度和物种丰度之间的区别而引起的潜在误导性生物学结论。本文第一作者是哈佛大学医学院的孙政博士和加州大学圣地亚哥分校的黄适博士，Rob Knight教授和刘洋彧教授为本文的通讯作者。

宏基因组学序列丰度物种丰度物种分类工具 DNA-to-DNA

南昌大学徐振江等：微生物组或可预测人的实际年龄

研究表明，肠道微生物组会随着年龄的增长而变化，甚至会加速成年人的衰老。与身体其他部位相比，肠道微生物组的年龄相关变化是否更为显著？能否从微生物组样本中预测一个人的实际年龄？目前并没有定论。最近mSystems发表南昌大学徐振江与UCSD的Rob Knight团队合作的研究，结合了来自包括中国、美国等不同国家的几项大型队列研究，以确定身体哪个部位（肠道、口腔和皮肤）的微生物组可以最准确地预测成年个体的实际年龄。结果发现，皮肤微生物组的预测结果最佳。本研究为进一步研究微生物组在加速或减缓衰老过程中的作用，及在与年龄相关的疾病易感性中的作用奠定了基础，并有助于开发潜在的微生物靶向治疗策略，延缓衰老。推荐阅读。

衰老肠道菌群皮肤菌群口腔菌群预测年龄

生物信息学算法

HULK：k-mer频谱草图用于微生物组快速分析

近年来公共可用微生物组数据的增长为基因组研究提供了宝贵的资源。大量的微生物组数据，以及微生物组研究的广泛普及和临床宏基因组学时代的到来，意味着迫切需要开发能够在短时间内处理大量数据的分析方法。为了满足这一需求，发表于《Microbiome》的研究提出了一种使用流式k-mer频谱的相似性草图表示微生物组测序数据差异的新方法。这些草图允许近似实时地进行差异估计，快速的微生物组目录搜索和微生物组样品的分类。项目地址：https://github.com/will-rowe/hulk 。

生物信息学算法菌群结构菌群相似性机器学习随机森林机器学习