基因组注释

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基因组注释

文章数：3篇

Cell子刊：基于深度学习的微生物基因组小蛋白编码基因的自动预测和注释

使用现有的研究工具常常忽略了小蛋白质，Durrant和Bhatt使用深度学习模型来改进对人类菌群中常见的小蛋白质的检测。为了方便注释特定的小型开放阅读框（smORFs），本文引入了SmORFinder。该工具结合了每个smORF家族的隐马尔可夫模型和深度学习模型，这些模型可以更好地推广到训练集中未被见到的smORF家族，从而丰富了对Ribo-seq翻译信号的预测。该注释工具可免费获得，并且可以重新分析成千上万个公开可用的基因组。

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宏基因组分析工具

MGS-Fast：快速注释菌群宏基因组测序数据的方法

华大基因主办的期刊《GigaScience》近期发表文章，使用既有的微生物基因目录注释宏基因组测序数据，大大提高了工作效率。这种操作依赖于可靠的基因目录支持。考虑到包括华大基因在内的多个研究机构都曾致力于构建肠道菌群的基因目录（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1045745408），随着基因目录的不断完善，这种不经过组装直接注释的方案不失为一个好办法。

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方臻成：基于人工智能的噬菌体结构蛋白识别-从频率模型到词向量

5月29日上午的新技术大会上，南方医科大学周宏伟组博士后方臻成报告了团队开发的多款病毒组研究工具，其基于词向量模型的新算法进一步改善了噬菌体中结构蛋白的识别，为深入和全面的研究病毒组提供了一款更优的工具。

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