肠道菌群宏基因组

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肠道菌群宏基因组

文章数：4篇

小鼠肠道菌群

小鼠肠道菌群的葡萄糖醛酸酶组（GUSome）

肠道菌群编码的葡萄糖醛酸酶（β-glucuronidase，GUS）在药物代谢、药物毒性、肠道癌变和宿主-菌群相互作用中发挥重要作用。之前，人肠道菌群的 GUSome 中发现了279个独特的GUS，并依据蛋白质活性位点将其分为六类。本研究则针对于小鼠这一模式生物，开展了类似的研究。

小鼠肠道菌群 β-葡萄糖醛酸酶 beta-glucuronidase gut microbiome mouse metagenomics

菌群-宿主互作

Nature：挖掘细菌基因多态性与宿主健康

菌株水平的基因差异可能意味着功能上的显著变化。《Nature》近期发表研究，在人类肠道菌群中发现了基因拷贝数多态现象，同时发现结构和丰度存在差异的微生物基因簇与人类宿主健康存在关联。该研究提出的概念和研究方法，有助于在基因功能水平阐释共生菌群与宿主的相互作用，对目前的共生菌群研究有重要参考价值。

菌群-宿主互作宏基因组基因拷贝数多态细菌功能肠道菌群宏基因组

宏基因组分箱

Hi-C测序助力宏基因组测序数据组装和分箱

在CGF-2019的新技术大会中，Ivan介绍了Hi-C方法在宏基因组分箱上的重要价值（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1069972254）。小编当时就想：这真是一个有创造力的想法。当前，Hi-C测序文库构建的选择很多，但是分析工具比较欠缺。本研究提出了一个开源的分析工具bin3C，并与目前唯一的另一种方法ProxiMeta进行了比较。

宏基因组分箱 Clustering Community detection Hi-C Metagenome-assembled genome

利用宏基因组数据重建微生物泛基因组

宏基因组数据分析通常会受到参考基因组有限的阻碍(使用分箱、培养组学等方法可以解决一部分)。MSPminer 采用了一种新的思路，不再执着于构建某一物种的基因组，转而通过对丰度相同的基因聚类构建泛基因组(Pan-genome)，并区分核心基因组和可变基因组基因。所得结果可用于下游的定性和定量分析。

宏基因组泛基因组生物信息学工具 C++ 肠道菌群宏基因组