进化树

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生物信息学工具

分析菌群基因水平转移的信息学工具

《Microbiome》近期发表的研究介绍了一种新的生物信息学分析工具——MetaCHIP，可以在不依赖于参考基因组的情况下，用于宏基因组测序数据分析，探索群落水平上的水平基因转移事件。

生物信息学工具基因水平转移 Bioinformatics HGT identification horizontal gene transfer

生物信息学工具

更可靠的定位疾病相关物种类群

传统上，如果需要得到最低分类级别上物种类群，通常直接在对应分类级别上进行关联分析。这忽视了微生物之间在演化上存在的固有联系。massMap 通过整合分类树，分两步定位关键物种，优化了相应的分析结果。

生物信息学工具菌群-疾病关联性分类树进化树 Alexei Verkhratsky

错误发现率

Bioinformatics：控制错误发现率结合进化树可增加宏基因组水平的多重检验能力

① 整合进化树分析可提高宏基因组关联分析的检测能力，但涉及到进化树相关的多重检验校正，目前研究考虑较少；② 我们提出新的错误发现率（FDR）控制流程，它基于一种层次模型，可借用邻近物种信息提高统计能力；③ 在进化树信息错误或无用时，我们的方法与传统方法的检验能力相近；④ 在论文中的模拟数据和真实数据上，我们的方法相比于传统方法可获取更多信息；⑤ 相关R包StructFDR已发布并可供使用。

错误发现率多重检验校正进化树系统发育树统计分析

BMC进化生物学：28株乳酸菌的物种进化历史

① 通过比较基因组学策略，我们获得并整合220个直系同源基因进化信息；② 结合两种最为可靠的系统发育学分析手段，从基因组水平阐述了28个具有全基因组的乳酸菌的物种进化历史；特别是对于分化最大的乳杆菌属的物种；③ 同时，研究者还鉴定了一个多基因（uvrB, polC和pbpB）序列分子标记，对于未来没有公布基因组的乳酸菌物种的分类和鉴定具有重要的意义。

乳酸杆菌进化树系统发生学物种进化 Diana P Bojanova