16S rDNA序列

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16S rDNA序列

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宏基因组分析工具

Nature子刊：PICRUSt2实现任意16S序列的宏基因组功能预测

截止2020年6月5日，功能预测软件PICRUSt1已被引用近4千次。这个成绩是相当惊艳，而且仅2019年就引用过千，且持续增长。近期《Nature Biotechnology》发表了更新的PICRUSt2版本，值得专业人士关注。

宏基因组分析工具 PICRUSt 功能预测 QIIME2 扩增子分析

微生物培养基

Nature子刊：微生物培养的福音——直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站

目前环境中的微生物绝大多数（90%~99%）是不可培养的，因我们对不同微生物培养条件(尤其是培养基配方)的不了解，阻碍了微生物的分离培养。随着高通量测序技术的发展，目前有大量文章是在做基于16S rDNA的微生物非培养方式研究群落多样性，但拿不到菌种使得目标微生物的应用和机理研究成为空中楼阁。有了本文中的KOMODO(Known Media Database)网站就可以有依据的预测目标微生物的培养基配方了。因此可将基于16S rDNA的微生物多样性数据与目标菌株的分离培养有机衔接起来，大大加速从生态研究到微生物资源挖掘的进程。

微生物培养基 KOMODO 数据库 16S rDNA序列生长因子