Thea Van Rossum

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全球微生物基因目录

Nature：复旦大学与多国合作构建全球微生物基因集并揭示其生物地理分布模式

复旦大学人类脑智能科学与技术研究院青年研究员路易斯·佩德罗·科埃略（Luis Pedro Coelho）、教授赵兴明、名誉教授皮尔·伯克（Peer Bork）与来自德国、西班牙、美国、英国等多国科学家合作研究，基于全球菌群的概念，将地球上不同栖息地的微生物作为统一系统，运用人工智能技术对1.3万个公开宏基因组样本进行挖掘，构建了迄今为止最全面的全球微生物基因集，为全球菌群研究迈出了重要一步。该研究同时发现，大多数基因具有栖息地特异性，跨越多栖息地的基因主要富集在抗生素耐药性基因和移动遗传元件。该研究对于理解抗生素抗性的产生，以及未来抗菌药物的研发具有重要的意义，对于理解微生物与人类健康的关系具有重要的作用，该研究将为地球生态研究和人类健康研究做出重要贡献。

全球微生物基因目录抗生素抗性基因可移动遗传元件栖息地特异性罕见基因

种内多样性

Nature Reviews：定义微生物组的种内多样性-菌株（综述）

传统意义上，研究种内变异仅限于可培养的细菌分离株和低分辨率微生物群落指纹图谱。宏基因组测序技术的进步使不依赖于培养的、高分辨率菌株和亚种的分析在高通量和复杂环境下成为可能。这具有巨大的科学前景，但也导致了描述亚种间变异的大量方法和术语。来自EMBL引用超20万的超级大牛Peer Bork撰写了本综述，旨在通过关注微生物学背景下细菌和古细菌物种内的多样性来阐明这些进展。本研究涵盖了与种群遗传学相关的基本微进化概念，并总结了如着重利用宏基因组学在微生物群落中直接研究和分类物种内的变异。文章还描述了如何使用宏基因组学数据实现种内变异的常见应用。本文为指导研究人员选择合适的术语和分析方法，以方便从日益增多可用的、高分辨率微生物组基因测序数据中获益提供便利。

种内多样性宏基因组种内变异菌株亚种