接合质粒

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接合质粒

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Nature子刊：靶向杀伤细菌的新策略

复杂微生物种群中细菌的靶向选择是控制病原细菌的关键。CRISPR核酸酶在向导RNA的指引下可以靶向细菌基因组中的特定序列，随后在核酸酶的作用下细菌基因组DNA双链断裂进而导致细菌死亡，但这个过程需要一个高效且广泛的宿主传递系统。《Nature Communications》上的一项研究比较了两种递送TevSpCas9核酸酶的方式在靶向杀伤肠道沙门氏菌效率上的影响。结果表明，相比于TevSpCas9核酸酶与接合系统相分离的方式（即核酸酶由质粒表达，接合系统由基因组表达），顺式作用方式（即核酸酶和接合系统由同一个质粒表达）具有更高的接合效率，更好的稳定性以及有效的二次接合作用，且能够在多个sgRNA的介导下实现高效的肠道沙门氏菌的杀伤效率。该研究表明，顺式作用的接合质粒或可作为递送CRISPR核酸酶以靶向杀伤细菌的有效工具。

接合质粒 SpCas9 大肠杆菌肠道沙门氏菌 sgRNA

可移动抗性基因组

Microbiome：港大张彤组纳米孔测序解析污水处理中可移动抗性基因组

为了能够全面了解污水处理体系中抗生素抗性基因以及多抗耐药菌株的动态传播过程，我们需要解析不同抗生素抗性基因的遗传背景、宿主信息并且追踪它们在整个污水处理体系过程中的变化。然而不管是基于传统的耐药菌株分离培养的方法，还是基于二代测序组装、或者epicPCR的方法都不能达到理想的解析效果。随着三代测序技术的发展，长读长的特点为我们解析复杂的遗传元件提供了可能性。该研究充分利用了Nanopore测序长读长以及实时测序的优势，开发了一套基于高通量测序的抗性基因遗传背景解析、宿主鉴定的分析流程。该论文所构建的分析流程不仅使我们对污水处理体系可移动抗性基因组有了全新的认识，同时为进一步解析耐药菌株的产生以及传播机制提供了重要参考。

可移动抗性基因组纳米孔测序接合质粒遗传背景宿主追踪