宿主追踪

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可移动抗性基因组

Microbiome：港大张彤组纳米孔测序解析污水处理中可移动抗性基因组

为了能够全面了解污水处理体系中抗生素抗性基因以及多抗耐药菌株的动态传播过程，我们需要解析不同抗生素抗性基因的遗传背景、宿主信息并且追踪它们在整个污水处理体系过程中的变化。然而不管是基于传统的耐药菌株分离培养的方法，还是基于二代测序组装、或者epicPCR的方法都不能达到理想的解析效果。随着三代测序技术的发展，长读长的特点为我们解析复杂的遗传元件提供了可能性。该研究充分利用了Nanopore测序长读长以及实时测序的优势，开发了一套基于高通量测序的抗性基因遗传背景解析、宿主鉴定的分析流程。该论文所构建的分析流程不仅使我们对污水处理体系可移动抗性基因组有了全新的认识，同时为进一步解析耐药菌株的产生以及传播机制提供了重要参考。

可移动抗性基因组纳米孔测序接合质粒遗传背景宿主追踪