Rob Patro

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文章数：2篇

计算宏基因组学

宏基因组学和宏转录组学定量分析工具AGAMEMNON

AGAMEMNON是一种节省时间和空间的计算机框架，可用于分析宏基因组/宏转录组样本，在属、种和菌株分水平上提供高准确度的微生物丰度估计，其新颖的索引方案和分析引擎使我们能够通过提供微生物丰度估计来超越分类等级，同时绕过类似的基于比对的量化方法的巨大内存需求。AGAMEMNON 可在以下网址获得：https://github.com/ivlachos/agamemnon

计算宏基因组学菌群定量微生物丰度污染物识别时间和空间高效的索引/比对

Nature子刊：Salmon不比对快速定量宏基因组基因

传统的定量工具采用比对的方法，对于人类几万个基因都需要消耗几小时，而面对微生物组动辄千万的基因更是费时费力。Salmon的非比策略具有速度上的极大优势，同时不会生成传播的巨型SAM格式比对文件。Salmon又是体现了出版平台对文章引用存在巨大影响的例子，该软件2015年发布在BioRxiv上面，两年只有10次引用，截止目前4年也仅有37次引用。而文章被Nature Methods接收发表后，短短两年引用高达1000多次，相同时间内引用量相差高达百倍，可见这28分的杂志确实获得了同行的广泛关注。

生物信息宏基因组基因定量软件算法