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文章数：2篇

小鼠肠道菌群

Cell子刊：小鼠肠道宏基因组包含460万个基因和660个基因组的基因集

通常，参考基因目录的生成涉及特定于样品的组装，基因预测以及基因条目的全数据集聚类，以减少冗余。但是，这种方法导致基因条目的物种分类学分辨率降低。这是由于高度相关但截然不同的基因的聚类以及缺乏高分辨率的分类学信息所致。大规模宏基因组学方法面临的一个具体挑战是将特定的16S rRNA基因序列与MAGs连接起来，这通常导致连接率较低。在这里，作者提出了一种综合的方法和相应的计算流程来构建整合的基因目录，从而显著改善了基因条目的物种分类学分辨率，并将基因链接到MAGs(宏基因组装配的基因组）和重建的全长16S rRNA基因。整合的小鼠肠道宏基因组目录（iMGMC）由298个可公开获得的新测序的宏基因组样本构建而成。此外，本文提出了一组另外的MAGs，它们是从898个宏基因组测序样品的单独单样品组装中获得的，与整合到iMGMC中的MAGs一起组成了1,296种细菌水平的细菌基因组。

小鼠肠道菌群基因目录微生物组宏基因组装配基因组 Mouse gut microbiota

微生物组基因多样性

Cell子刊：人消化道中海量的微生物基因，有一半是“独特的”

人类微生物组中有多少微生物基因？Cell Host and Microbe上周发表的一项研究分析了3600多个人口腔或肠道的宏基因组，鉴定出超过4500万个微生物基因，发现每个人有一半的微生物基因是独特的，这些基因具有多样化的潜在功能，主要存在于稀有菌株中。这些发现揭示了人类微生物组基因巨大的多样性，为进一步分析微生物组基因和功能与宿主健康的关系打下基础。

微生物组基因多样性 Oral microbiome gut microbiome metagenomics gene catalog