三代测序技术

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三代测序技术

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三代测序技术

Nature子刊：基于三代测序的宏基因组分析助力完整微生物进化研究

微生物是自然界中种类繁多的一类生物，与人类健康、环境等均有这密切的关系，然而由于此前技术的限制，人们对于微生物的鉴定和认识远远低于自然界实际的微生物种类和数量，因此构建微生物的完整的进化树更是镜花水月。近年来随着三代测序技术的的成熟和实施成本的大幅下降，基于三代测序的宏基因组技术已经开展在微生物学领域的研究，成为有效鉴定微生物的研究方法，使得很多此前无法开展的研究具有了可能。近期一篇发表在Nature子刊，Nature Methods的评论就三代宏基因测序技术的出现对研究微生物进化方面进行了评述，对于该技术在该领域的作用进行了前瞻性预测。

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香港大学：纳米孔宏基因组学助力恢复高质量基因组

随着测序技术和生物信息学的快速发展，研究人员可借助宏基因组测序从环境、人类肠道、土壤等样本中快速组装出高质量基因组。相比二代短读长，利用三代长度长测序可能有利于组装出高度保守和可移动区域，有效提高基因组的质量。近日，香港大学张彤团队在Microbiome上发表最新研究，借助纳米孔测序开发出NanoPhase工具，可从宏基因组测序模拟和真实数据（污泥样本）中恢复完整和高质量MAGs。总之，该研究为利用下一代测序组装高质量MAGs提供了新支撑，当然，未来也需要针对真实的人类肠道菌群样本进一步测试其准确性。

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三代测序技术

同济大学团队：三代测序技术助力研究人肠道菌群

尽管进行了数十年的研究，但人们对肠道菌群的组成仍知之甚少。本研究中，作者建立了一种获得高质量的肠道菌群基因组的有效提取方法，并使用第三代测序技术对其进行分析。通过这种方法，作者不仅发现了大量未知基因，还识别了几个新的亚种和物种。这项工作为探索肠道菌群基因组提供了一种新颖可靠的方法，促进了新细菌物种的发现，其进一步加深了人们对构成人类健康和疾病基础的菌群的理解。

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抗生素耐药

综述：临床快速诊断感染病原和抗生素耐药检测的新技术

抗生素耐药是目前人类健康面临的最为严重的威胁之一。如果按照现在抗生素耐药的情况发展，到2050年，每年因抗生素耐药可能导致的死亡人数会超过一千万。而避免抗生素耐药的进一步加剧的一个重要的方面是在抗生素临床实践过程中尽可能的及早明确致病的病原菌及其对抗生素的易感性，从而开展有针对性的抗生素应用。目前临床对于病原诊断和药物敏感性检测的金标准还是培养法，但该方法耗时长，因此使得临床医生在面临急性感染时不得不采取广谱抗生素治疗法，从而进一步加剧了抗生素耐药的发生。近年来，针对病原的临床检测不断有新的方法涌现，一篇发表在Current Opinion in Microbiology的综述对这些方法进行回顾总结，以期进一步推动技术进步。

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