Raphael H Valdivia

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Raphael H Valdivia

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Nature子刊：Akk菌的首套遗传操作系统

这是发表在Nature Microbiology上的一份工作，作者基于pSAM_Bt质粒，密码子优化转座酶himar1C9成功构建针对嗜黏蛋白阿克曼氏菌（Akk菌）的转座子插入质粒pSAM_Akk，并通过大肠杆菌接合的方式获得了Akk菌的转座子插入突变文库。其中突变体混合文库包括721个基因序列上2680个独特插入、198个基因间序列插入和5个tRNA序列插入，单个突变体单独培养文库包括406个基因序列上1063插入、58个基因间序列插入和2个tRNA序列插入。通过混合文库分别接种到体外胃黏蛋白为唯一碳源的限制性培养基、体内四种小鼠模型（无菌小鼠、接种8种核心肠菌的小鼠、常规饲养小鼠和黏蛋白缺陷鼠）中，进行转座子测序以鉴定关键基因。Akk菌需要氨基酸生物合成途径以积累黏蛋白糖，同时表达大量糖苷水解酶以实现代谢生长。在体内，Akk菌表达纤毛和MUL外周蛋白复合体以实现黏蛋白的利用积累。MUL基因帮助Akk菌与其他肠菌竞争以实现定植，在无菌小鼠体内会抑制结肠甾醇生物合成相关基因的表达。这份工作成功实现了重要候选益生菌嗜黏蛋白阿克曼氏菌的遗传操作，为后续机理研究和益生菌开发提供技术基础。

AKK菌细菌遗传学细菌-宿主互作

不同Akk菌分离株的基因型及表型差异

来自mBio上发表的一项最新研究，从人粪便中分离出了71株Akk菌，并对比鉴定了不同分离株的基因型及表型差异。

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