Derrick E Wood

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Derrick E Wood

文章数：2篇

宏基因组学

Kraken 2——快速的宏基因组物种分类注释工具

Kraken 2是对Kraken的优化升级后的全新版本，带来了对宏基因组数据进行快速分类注释的质的飞跃，相较于Kraken，Kraken 2拥有更先进的数据库索引方式，可以大大减少计算机内存的使用，并提高分类速度，并保持较高准确率。支持源代友、conda、docker等多种方式方便安装，分析也只需一行命令即可完成，结果格式有多种可选格式可与常见的下游分析工具STAMP、LEfSe等联用，是宏基因组物种分类的首选工具，也是Cell杂志评估20种物种分类工具中综合表现最好的工具（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1033790381）。

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Kraken：超快的宏基因组序列物种注释工具

Kraken是物种注释中最快，最庞大的存在，其超快的速度受到大家的喜欢，但标准版超大的内存消耗也非常恐怖。现在已经开发一系列子版本和新版本，如小内存的miniKraken，基于非冗余K-mer的KrakenUniq，还有最的版Kraken2。之前日报介绍过的相关方法有《一个新的宏基因组分类器KrakenUniq》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1079174335）、《Bioinformatics：大幅提高宏基因组分类速度的新算法！》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1058091428）、《MGS-Fast：快速注释菌群宏基因组测序数据的方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1068195517）、以及针对临床检测的《PAIPline：鉴定致病菌的临床测序结果分析平台》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1055280911）等可供用户根据具体需求进行选择。

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