宏基因组数据库

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中山大学：人类肠道宏基因组数据库gutMEGA

为了方便科学家查询和检索已发布的肠道菌群宏基因组测序数据，在这项研究中，中山大学第一附属医院的Xiaoxing Li和中山大学附属肿瘤医院的Ze-Xian Liu与团队，开发了肠道宏基因组图谱（gutMEGA），这是一个注释齐全的综合数据库，用于管理和托管来自人类已发表的肠道菌群定量数据集。通过仔细整理肠道菌群的组成，表型和实验信息，gutMEGA最终在776个条件下整合了7种不同水平（界，门，纲，目，科，属和种）的6457类群的59132个定量信息。此外，通过各种浏览和搜索功能，gutMEGA为用户提供了一种快速简便的方法来获取表型之间肠道微生物的相对丰度。总体而言，gutMEGA是用于肠道宏基因组研究的便捷而全面的资源，可以从 http://gutmega.omicsbio.info 免费访问。

宏基因组数据库 Gut microbiota human health metagenomics database

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国内团队：人类肠道宏基因组数据库——GMrepo

华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、辽宁省人民医院赫丽杰日前联袂在《核酸研究》上发表了一个经人工矫正的人肠道宏基因组数据库。数据库整合了来自于多个公共数据库的结果，进行了一致化的处理，并添加了经核对的相关元数据。数据库收录了58903个样品，对于质控合格的样品，提供了预先计算好的物种丰度、相关性和菌株共现性网络等结果查询。数据库界面清爽，响应迅速，除了图形化查询生成器还提供了R/Python/Perl语言的API接口，方便不同背景的研究者使用。

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