宁康
华中科技大学生命科学与技术学院教授、生物信息与系统生物学系系主任
宁康,华中科技大学生命科学与技术学院教授,博士生导师,生物信息与系统生物学系系主任。2003年本科毕业于中国科学技术大学计算机科学技术专业,2008年博士毕业于新加坡国立大学生物信息学专业,2010年于美国密歇根大学完成博士后工作。2015年开始担任华中科技大学生命科学与技术学院基于生物信息与系统生物学系系主任。是“教育部分子生物物理重点实验室”、“生物信息与分子成像湖北省重点实验室”等多个省部级实验室的管理或骨干成员。在生物信息学领域从事科研工作10余年,研究重点方向为微生物组大数据的人工智能挖掘及其在健康与环境等领域的应用。目前主持国家自然科学基金项目、科技部重大研究计划课题等。已做为通讯作者在PNAS、Nature Communications、Gut、Annals of the Rheumatic Diseases、Genome Biology、Genome Medicine、Microbiome、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics、Nucleic Acids Research等生物学、医学和生物信息学顶级学术期刊发表学术论文100余篇,文章总引用超过6000次,H指数40(Google Scholar)。获得软件著作权6项,申请国家发明专利20余项。入选2021-2023年全球前2%顶尖科学家“年度科学影响力”(single recent year impact)榜单。担任Genomics Proteomics Bioinformatics、Microbiology Spectrum、iMeta等国际期刊编委。担任中国生物信息学学会-基因组信息学分会副主任等;担任湖北省生物信息学会秘书长等。2022年当选中国计算机协会CCF杰出会员。已作为主编出版中英文教材和专著6本,并是6届iGEM金牌团队的指导老师。
宁康等:深度学习可揭示细菌谱系中可逆启动子的分布和进化
华中科技大学宁康在Nucleic Acids Research发表最新研究,通过深度学习模型DeepInverton揭示了细菌可逆启动子在不同菌株中的分布和进化模式,共鉴定出超过20万非冗余可逆启动子,其中多数在病原体中尤为丰富。
10-31
宁康/缪炜/熊杰Nature子刊:青藏高原水生微生物组的基因组和基因目录解析
华中科技大学宁康、中科院水生所缪炜和熊杰与团队共同发表最新文章,通过对六种水生生态系统(咸水湖、淡水湖、河流、温泉、湿地和冰川)的498个宏基因组进行测序,构建了青藏高原微生物目录,扩展了该地区基因组多样性。
02-20
iMeta:宁康+田埂等开发在线微生物关联分析平台
华中科技大学宁康与元码基因公司田埂作为共同通讯作者在iMeta发表研究,开发了MicroEXPERT平台,MicroEXPERT平台提供了一个强大的宏基因组管理和分析系统,用于菌群数据管理、数据分析、数据挖掘和MWAS分析,帮助理解宏基因组和其生态环境之间的关联性。
2023-08-30
宁康+卢群伟等:运动员的肠道微生物群是运动项目特有的
经常的高强度运动会导致运动员肠道微生物群的变化,这些变化的程度和性质可能会受到运动员运动模式的影响。华中科技大学的宁康、卢群伟和武汉体育学院的Song Wang与团队在mSystems发表文章,首次对有氧运动、摔跤和赛艇在内的一系列运动项目的运动员进行多队列调查,同时对比非专业运动员,调查运动员的肠道微生物群是如何被不同类型的运动所影响的,以及它与炎症、饮食、人体测量和无氧测量的关系。
2023-08-11
宁康+卢群伟等:运动员的肠道微生物群是运动项目特有的
① 研究非运动员队列和专业运动员队列的肠道菌群和炎症模式,专业运动员队列包括117名女性和199名男性有氧运动员、53名男性摔跤运动员和174名女性赛艇运动员;② 10个肠道菌群亚组都与不同类型运动员的炎症、饮食和无氧表现指标之间存在明显的关联;③ 不同运动员的特征肠道菌群可能导致特殊的炎症模式,大多数炎症指标与普雷沃氏菌驱动的亚组7有关;④ 运动强度影响肠道菌群,但性别也是肠道菌群变化和潜在炎症风险的主要因素之一。
2023-07-27
宁康等:用DeepMicroCancer诊断癌症类型
① 基于组织和血液样本中微生物数据构建了随机森林和转移学习模型-DeepMicroCancer,用于多种类型癌症的诊断;② 构建组织-组织和血液-血液随机森林模型并评估其预测性能后,发现对模型贡献最大的前10个微生物其贡献得分完全不同,表明癌症患者组织和血液中微生物数据特征存在一定差异;③ 建立了组织-血液模型,发现该模型明显优于血液-血液模型;④ 当样本数量较少时,使用转移学习模型可提高癌症诊断的准确性。
2023-05-04
宁康等:microDELTA或可用于解决年龄依赖的人体健康诊断问题
① 开发了microDELTA框架,基于肠道菌群数据使用迁移学习实现人体健康轨迹追踪,由模型构建和模型适应两部分构成;② microDELTA在准确预测不同分娩方式的婴儿年龄方面优于神经网络模型,特别是针对阴道分娩新生儿;③ 在中国旅行者队列中,microDELTA发现旅行期间长期饮食变化与其肠道菌群相关,而在哈扎狩猎采集队列中发现肠道菌群呈季节性循环;④ microDELTA用于含4个不同地区的年轻人与老年人数据集中,发现老年队列有独特的微生物模式。
2023-01-11
宁康团队:迁移学习模型或可促进基于微生物的跨区域疾病诊断
① 提出一个集成神经网络和迁移学习的机器学习框架,旨在利用源城市的疾病成熟知识辅助目标城市的疾病诊断;② 利用14个城市的7种代表性疾病数据对3个疾病神经网络(DNN)模型进行评估;③ 迁移DNN模型对城市间疾病的诊断准确性(0.829)显著高于独立DNN模型(0.743)和跨城市的区域DNN模型(0.506);④ 迁移学习样本比例超过50%,迁移DNN模型即可比独立DNN模型有更高诊断准确性;⑤ 该机器学习框架可识别特定区域微生物及所有区域共享微生物。
2022-10-28
宁康团队:分析少数民族菌群,揭示高热量饮食如何通过肠菌引起高血压
① 对肃南县1089名汉族和裕固族人流行病学调查显示,高热量饮食模式下,该地区高血压患病率是全国平均水平的1.8倍;② 收集153份汉族与裕固族人(81例高血压,72例对照)粪便样品测序;③ 高血压患者肠道中部分毛螺菌属成员丰度显著降低(与HDL-C正相关,与收缩压、舒张压负相关),血清丁酸含量也较低;④ 产丁酸毛螺菌属可能通过调节载脂蛋白A-IV基因,降低HDL-C 水平,引发高血压;⑤ 相比裕固族,高热量饮食下汉族高血压患者肠道菌群更脆弱。
2022-10-17
陈松林院士+宁康等:肠道菌群介导半滑舌鳎对弧菌病的抵抗力
① 收集弧菌病抗性和易感的半滑舌鳎肠道组织及内容物,进行多组学分析;② 发现抗性组和易感组的肠道菌群组成、功能及宿主基因表达模式显著不同;③ 肠道菌群通过菌-肠道-免疫轴调控宿主免疫稳态和炎症,增强半滑舌鳎对弧菌病的抵抗力;④ 如褐杆菌属通过调节其hdhA和宿主cyp27a1基因在胆汁酸合成途径中上调,其trxA和宿主akt基因在促炎因子合成途径中下调,减轻炎症和疾病感染;⑤ 肠道菌群和宿主基因可作为生物标志物区分抗性和易感的半滑舌鳎。
2022-09-23
宁康团队:利用迁移学习解决多情景下菌群分类问题
① 作者提出一种基于迁移学习的情景感知的菌群分类方法-EXPERT来促进不同环境中的菌群的分类;② EXPERT 可以平衡准确性和效率之间的权衡,从而可以同时达到更高的准确性和效率;③ EXPERT 实现了情景感知的菌群定制分类,并增强了新的微生物知识发现能力;④ 本文作者首先评估了 EXPERT 对 MGnify 中新存储的菌群数据的效率和准确性;⑤ 然后展示了它在不同情景下对群落样本分类的适应性,结果表明,其在广谱背景下的菌群样本分类方面表现出色。
2022-09-19
注:FA表示第一作者;CA表示通讯作者;SA表示高级作者
公开国家发明专利10余项,获得软件著作权6项。
华中科技大学生命科学与技术学院教授
生物信息与系统生物学系系主任
华中学者特聘教授
2019中国肠道大会GPB杂志专场学术大会主席
宁康,华中科技大学生命科学与技术学院教授,博士生导师,生物信息与系统生物学系系主任。2003年本科毕业于中国科学技术大学计算机科学技术专业,2008年博士毕业于新加坡国立大学生物信息学专业,2010年于美国密歇根大学完成博士后工作。2015年开始担任华中科技大学生命科学与技术学院基于生物信息与系统生物学系系主任。是“教育部分子生物物理重点实验室”、“生物信息与分子成像湖北省重点实验室”等多个省部级实验室的管理或骨干成员。在生物信息学领域从事科研工作10余年,研究重点方向为微生物组大数据的人工智能挖掘及其在健康与环境等领域的应用。目前主持国家自然科学基金项目、科技部重大研究计划课题等。已做为通讯作者在PNAS、Nature Communications、Gut、Annals of the Rheumatic Diseases、Genome Biology、Genome Medicine、Microbiome、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics、Nucleic Acids Research等生物学、医学和生物信息学顶级学术期刊发表学术论文100余篇,文章总引用超过6000次,H指数40(Google Scholar)。获得软件著作权6项,申请国家发明专利20余项。入选2021-2023年全球前2%顶尖科学家“年度科学影响力”(single recent year impact)榜单。担任Genomics Proteomics Bioinformatics、Microbiology Spectrum、iMeta等国际期刊编委。担任中国生物信息学学会-基因组信息学分会副主任等;担任湖北省生物信息学会秘书长等。2022年当选中国计算机协会CCF杰出会员。已作为主编出版中英文教材和专著6本,并是6届iGEM金牌团队的指导老师。
1998年09月-2003年07月 中国科学技术大学计算机系,学士
2003年08月-2008年08月 新加坡国立大学计算机学院生物信息专业,博士
2007年11月-2010年06月 美国密歇根大学,博士后
2010年08月-2015年03月 中国科学院青岛生物能源与过程研究所,副研究员/研究员
2015年04月-至今 华中科技大学生命科学与技术学院,教授
生物信息学、生物大数据挖掘、以及相关方法在微生物组学研究中的应用
创新性的微生物组学实验和数据分析
微生物组学数据库系统的开发
基于微生物组学大数据的群落宏基因组信息挖掘
单细胞数据分析方法开发和应用
蛋白组和调控网络等数据分析
大数据分析算法和高性能计算等
中国生物工程学会-计算生物学与生物信息学专业委员会委员
中国遗传学会-生物大数据专业委员会委员
中国计算机学会-生物信息学专业委员会委员等
亚太生物信息学大会(APBC)等国际会议委员
英国生物技术与生物科学研究理事会(UK-BBSRC)、英国自然环境研究委员会(UK-NERC)等基金评委
担任Scientific Reports,Genomics Proteomics Bioinformatics(GPB)等期刊编委会编委
2015年率队获"国际遗传工程的机器设计竞赛"(iGEM) 金奖